perjantai 12. joulukuuta 2014

Är aa dee

Perjantaita!

Islannista on kotiuduttu. Tuntuu että reissusta on ikuisuus, vaikka tulin takaisin Ouluun vasta vähän yli kuukausi sitten. Aika menee nopeasti, kun on paljon tekemistä - ja tekemistä on ollut todella paljon. Väikkäri etenee vauhdilla, ja pitkästä aikaa on ihan positiivinen fiilis. Seuraavat artikkelit (kaksi kipaletta) alkavat olla sillä mallilla että saamme ne lähetettyä arvioitavaksi alkuvuonna, väikkärin Kiitokset-osio on valmis (jostainhan sitä täytyy aloittaa, heh), väikkärin yhteenvetoakin olen jo kirjoittanut monta sivua. Vaikka marraskuu (ja tähän mennessä joulukuukin) on ollut yhtä pimeyttä, märkyyttä ja kurjuutta (kuvaannollisesti), eiköhän tämä tästä vielä iloksi muutu.

Työhommat Islannissa sujuivat lopulta hyvin. Alussa oli ongelmia tarvittavien laboratoriotarvikkeiden saamisessa, minkä vuoksi työt meinasivat viivästyä. Koska aikani Islannissa oli erittäin rajallinen, keksimme pikapikaa toisen projektin, jota aloin työstää: pääsin (änkesin väkisin) mukaan ddRAD-sekvensointiprojektiin. ddRAD tulee sanoista "double digestion Restriction-site Associated DNA-sequencing", eli suomeksi sanottuna kutakuinkin näin: kahdella eri restriktio- eli pilkkojaentsyymillä pätkittyjen DNA-palasten sekvensointi. Olin innoissani, ja mieleeni muistui hyvin, miksi valmistuin aikoinani geneetikoksi. Jännittävää! Kutakuinkin seuraavan kuvan "What I say I do" -kohdan mukaiset fiilikset mulla oli; niin jännittävää oli päästä oppimaan jotain ihan uutta ja erittäin geneettistä. 


















RAD-sekvensointi on yksi uuden sukupolven sekvensointimenetelmistä, joiden osaamista nykypäivän geneetikoilta melkeinpä kaikkialla vaaditaan. Tulevaisuuttakin ajatellen oli siis erinomaista että tämmöinen projekti osui kohdalle.

RAD-menetelmässä jokaisen tutkittavan yksilön, tässä tapauksessa merisirrien, genominen DNA pilkotaan tuhansiin ja taas tuhansiin osiin, joista kaikki sekvensoidaan (DNA:n emäsjärjestys selvitetään). Menetelmä on suunniteltu niin, että jokainen yksilö on sekvensoinnin jälkeen tunnistettavissa ja erotettavissa toisistaan, joten RAD:ia voidaan käyttää vaikkapa isyysanalyyseissä vertailtaessa vanhempia ja jälkeläisiä keskenään. Yksilötason lisäksi RAD:ia käytetään isommassa mittakaavassa populaatioita tutkittaessa (esimerkiksi geneettistä populaatiorakennetta selvitettäessä). Sain kahden viikon aherruksen tuloksena RAD:in sekvensointia vaille valmiiksi (itse sekvensoinnista huolehtii paikallinen laboratorioyritys, jossa näytteet ovat nyt ajettavana).

RAD-sekvensoinnin lisäksi valmistelin 130 merisirriyksilön DNA-näytteet mikrosatelliittien avulla tapahtuvaa isyysanalyysiä varten. Mikrosatelliittiajot hoitaa samainen laboratorioyritys, jossa sekvenssit ovat odottelemassa vuoroaan. Alkuvuodesta sekä sekvensoinnit että mikrosatelliitit ovat valmiita, ja tarkoituksenani on lähteä Islantiin uudestaan aineistoa analysoimaan. Käytännössä en vielä osaa sanoa milloin ehdin reissuun, koska etusijalla on nyt oma väitöskirja. Mutta asia selvinnee kevättalven mittaan.

Kirjoittelen parhaillaan RAD-sekvensoinnista yksityiskohtaista protokollaa, jonka julkaisen täälläkin, kunhan saan sen valmiiksi. Asiasta kiinnostuneet voivat täten tutustua menetelmään lähemmin. Ollaanpa tänne meidän omalle eläinmuseollekin suunnittelemassa RAD-projekteja, joihin toivon pääseväni mukaan nyt kun minulla jonkinlainen näppituntuma asiaan on.

Nyt tämän viikon hommat pakettiin ja pikkujoulujen viettoon. Ja maanantaina sitten juhlimaan Annaa! Oi että olen innoissani.

Nelli