perjantai 18. huhtikuuta 2014

Pitkää perjantaita!

Minulla on vaikka minkälaista kerrottavaa näin pääsiäisen alla. Kaikkea mukavaa (ja vähän turhauttavaakin). 

Aloitetaan vaikka siitä että minulla on ihka oma gradulainen! Olen aivan innoissani. Aloitimme hommat tiistaina eristämällä DNA:ta rantakurvin (Xenus cinereus) verinäytteistä. Tarkoituksenamme on tutkia rantakurvin geneettistä rakennetta sen koko levinneisyysalueen mittakaavassa Perämeren rannalta Itä-Siperiaan saakka. Selvitämme muun muassa, eroavatko levinneisyysalueen reunalla sijaitsevat populaatiot geneettisesti ydinalueella elelevistä populaatioista. Kun levinneisyysalue on laaja, niin kuin rantakurvilla, populaatioiden välillä saattaa olla demografista ja geneettistä vaihtelua, joka kenties vaikuttaa lajin suojeluun. Kerron työstä tarkemmin tässä vuoden mittaan työn edetessä.


















Kuva 1. Rantakurvin poikanen hyppysissäni. Copyright Aija Lehikoinen (luulisin).


Toinen hyvä uutinen on se, että suosirrin mikrosatelliittiaineisto alkaa olla valmis. Tässä kävi vähän hassusti, ja yritän suhtautua asiaan huumorilla (tähän mennessä sujuu ihan hyvin). Nimittäin kävi ilmi, että ABI-niminen laite, josta kaikki mikrosatelliittitulokseni tulevat, oli viallinen! Asia on nyt korjattu, mutta olen tehnyt liioittelematta vähintään kuukausien ylimääräisen työn aineiston kanssa tapellessa. Koska tulokset ovat olleet niin vaikeasti tulkittavia, on se myös vaikuttanut työmotivaatioon ja hidastanut väikkärini etenemistä paljon. Vaikka olen tehnyt tänä vuonna hurjasti töitä, tuntuu että vasta nyt homma alkaa oikeasti etenemään.

Ensinnäkin, luullessani että PCR ei ole toiminut (koska ABI:n tulokset ovat olleet niin huonoja eikä alleeleista ole saanut tolkkua), olen tehnyt samoilta yksilöiltä jopa neljä eri PCR:ää yhtä mikrosatelliittilokusta monistaessani, tuhlaten näin DNA:ta turhaan. Haaskuseen on mennyt myös melkoisen tyyristä, ABI-ajoissa tarvittavaa alleelikokojen määrittämiseen vaadittavaa kokostandardia (yksi pieni 0,2 ml purtilo ainetta maksaa satoja euroja).

Toiseksi, olen monistanut lähes jokaisen viidestätoista mikrosatelliittilokuksestamme erikseen omissa PCR:issään, enkä niin sanotussa Multiplex-PCR:ssä, jossa yhdessä PCR-ajossa voi monistaa vaikkapa kolmea eri lokusta samanaikaisesti (koska ABI-tulokset ovat olleet niin huonoja että olen luullut, etteivät multiplexit toimi). Olen tehnyt kymmeniä ylimääräisiä PCR:iä.

Kolmanneksi, olen taistellut alleelien tulkinnan kanssa (ohjelmalla nimeltä GeneMapper) niin paljon etten muista milloinkaan tehneeni näin kovasti töitä. Alla esimerkkinä lokuksen nimeltä Cme6 uudelleen, toimivalla ABI:lla ajetut alleelit, sekä sen alla vanhat, vialliset ABI-tulokset (kuvat 2 ja 3). Ero on hämmästyttävä.



















Kuva 2. Uusi, toimiva ABI-ajo. Molemmista yksilöistä erottuu selvästi kaksi alleelia, ylemmässä yksilön CA1020 alleelit 198 ja 200, alemmassa yksilön CA1021 alleelit 190 ja 192. CA on lyhenne Calidris alpinasta, eli suosirristä.



















 

Kuva 3. Vanhan, viallisen ABI-ajon mukaan samat yksilöt, CA1020 ja CA1021, näyttivät tältä. Tulkitsin molemmat aiemmin homotsygooteiksi 198/198, ja 192/192. Ja huomaattehan, kuinka vaikeaa on päättää, laittaako alleelin 198:ksi vai 200:ksi, kun se kuvassa osuu noin 199 kohdalle (samoin alemman yksilön kanssa; onko alleeli 190 vai 192, kun se osuu melkein 191 kohdalle?). Tällaisia pyörittelin päivätolkulla ja vertailin sukulaisten alleeleita ja kävin näitä aina uudestaan ja uudestaan läpi jotta sain alleelit merkittyä systemaattisesti samalla tavalla kaikkiin.


Alla toinen lokus, CAS26, jossa oli aiemmin kaikenlaisia ongelmia (kuvat 4 ja 5). Uusinta-ABI-tuloksia katsellessani minulta kesti kaikkien yksilöiden alleelien selvittämiseen tämän lokuksen osalta yksi ainoa päivä, kun taas aiempien, huonojen tulosten takia en ollut saanut edes käytyä kaikkia yksilöitä läpi viimeisen puolen vuoden aikana!





















Kuva 4. Uuden, toimivan ABI-ajon tulos, jossa näkyy erittäin selkeästi kaksi alleelia (242 ja 246).




















Kuva 5. Samainen CAS26-lokus näytti aiemmin tältä (kuvissa eri yksilöt). En ollut varma ovatko tämän lokuksen alleelit parillisia vai parittomia (246 vai 247?), koska pylväät ovat niin leveitä että tulkinta on vaikeaa. Ja mikä on oikean 246-alleelin edessä oleva pylväs? Onko se toinen alleeli vai pelkästään ns. etupiikki? Kävi ilmi, että se ei ole alleeli, vaan jotain ylimääräistä. Molemmat kuvassa olevat yksilöt ovat homotsygootteja alleelin 246 suhteen.


Neljänneksi, koska ABI-laite oli viallinen, vaikutti se myös alleelien koon määrittämisessä käytettävän kokostandardin tulkitsemiseen. Alla esimerkit viallisesta ja toimivasta kokostandardista (kuvat 6 ja 7).




















Kuva 6. Viallinen kokostandardi. Piikit ovat aivan liian leveitä, minkä takia alleelien koon määrittäminen epämääräistyy huomattavasti.





















Kuva 7. Toimiva kokostandardi. Piikit ovat selkeitä, ja alleelien koon määrittäminen sujuu mainiosti.


Jos olisin tiennyt että vika on laitteessa eikä näytteissä tai PCR-olosuhteissa, olisin saanut aineiston valmiiksi aikoja sitten. Mistäpä sen olisi voinut tietää? Onneksi tämä kävi kuitenkin ilmi. Ja onni onnettomuudessa - kaikki ABI-näytelevyt olivat tallessa, joten ne täytyi vain ajaa laitteessa uudestaan, enkä siis joutunut pipetoimaan mitään ylimääräistä.

Kolmas mukava uutinen on, että uudet suosirrirenkaat kolahtivat postiluukusta eilen, ja että pääsiäisen jälkeen pääsen maastohommiin. Sirrit ovat siis saapuneet! Tai saapumassa. Etelä-Suomessa niitä on jo nähty reilu viikko takaperin. Kiire tulee olemaan.

Ja vielä neljäskin kiva esiuutinen: minulla on väitöskirjan valmistumisen jälkeisiä suunnitelmia. Enpäs kerrokaan niistä vielä kauheasti, hehe, katsotaan nyt miten tässä suunnitelmat etenevät, mutta sen verran voin paljastaa että ulkomaille olen lähdössä.

Oikein rauhaisaa pääsiäistä kaikille! Aasinsiltana pääsiäisestä ja suklaamunista kanoihin.

Tavataan taas toukokuussa.

Nelli

sunnuntai 6. huhtikuuta 2014

Huhtikuun ensimmäistä sunnuntaita!



Nyt se pitää jo myöntää – kevät on jo tullut. Lupaan lopettaa takatalven odottamisen ja siirtää ajatukset jo ensi kesään. Ulkona onkin jo niin valoisaa, että myös yöttömät yöt saapuvat kohta Ouluun, ja saavatkin tulla!
Kesässä mulla on ollut töissäkin ajatukset. Minä olen tehnyt tuntitaulukoita, varustelistoja ja aikatauluja, hoitanut lupa-asioita ja kirjoittanut ohjeita. Nämä ei olekaan kesälomavalmisteluja vaan hehei kenttähommia varten. Mulla odottaa taas kesäviikkoja Norjassa alkaen vapusta ja jatkuen syyskuulle. Ei sentään aivan putkeen vaan jaettuna kuuteen pienoiseen reissuun. Ja nyt kun olen päästänyt ne ajatuksiini, niin haluaisin aloittaa ne jo heti!

Kesäkaudessa ensimmäiseksi lähden tunturikurssille opettamaan, vaikkei se vielä kenttäkautta ole, on se tosi kaivattua vaihtelua toimistotöille. Sitä varten ehdin kuukausi sitten käydä Turussa auttamassa kurssin luentojen kanssa. Se oli hassu reissu koska päädyin vähän metsästä esittämään kasvidemoja, jakamaan käytännön ryhmiä ja pitämään turvallisuuskoulutusta. (Mun turvallisuuskoulutus alkoi sillä, että opetin aikuisille ihmisille kuinka kurssibussissa pitää piettää turvavöitä ja veneissä pelastusliivejä:)...) Luentojen jälkeen kurssivalmistelut ovat jatkuneet enemmin määrin, tässä on tullut huomattua että samat monot on tullut luvattua kolmelle kurssilaiselle lainaan ja suksien määrästä on ollut monia tietoja. Minä päätin, että lasken kaiken itse uudelleen, päivitän monisteet ja hoidan ryhmäjaot. Jos vaikka tuplavarmistuksella olisi sitten todennäköisempää, että kaikki tarvittavat välineet saadaan sitten paikalle. Kurssinvastuuvetäjäkin on sittemmin laittanut kaikille kurssilaisille viestiä, että kaikissa tärkeissä asioissa minuun pitää ottaa yhteyttä, sillä mulla langat ovat selvemmässä järjestyksessä:). Koetan siis pitääkin ne niin. Alkusäätöjen lisäksi mun olisi tarkoitus mennä ennen kurssia valmistelemaan kurssipaikkaa tunturitupaan, mä en ole vielä setvinyt sitä lankavyyhtiä ja selvittänyt miten sinne pääsen...

Kuitenkin vielä neljä viikkoa malttia kesäkauteen asti, sillä välillä pitäisi saattaa käsis sellaiseen vaiheeseen, että sen voi haudata kansioon viideksi kuukaudeksi. Siinä on nyt vihdoin tulokset jotakuinkin selkeänä, mutta johdantoa ja pohdintaa pittää vielä muokata vähän sopivammaksi niille tuloksille. Mun toinen ohjaaja on ehtinyt panostaa siihen mun ohella todella paljon ja hän on sammaan aikaan hahmotellut juttua viime kesältä jääneeltä ylijäämäaineistosta. Se on ollutkin tosi hyödyllistä jakaa aineistoa, sillä nyt mäkin ymmärrän paremmin omaa aineistoani, kun Sari selittää, mitä hänen lohkossaan on tapahtunut. Ja muutoin tuskin kukaan malttaisi jutella musta koekäsittelyjen aiheuttamasta typpi-fosfori-stoikiometriasta sun muusta.    
Mulla oli kyllä suuret aikeet saada se lähetettyä se jo ennen kesää juuri noiden ajatuskatko-kuukausien takia, mutta ei sitä voi ajatustaan nopeammin analysoida tai kirjoittaa aineistosta. Ehkä siinä kesänkin aikana ajatukset pääsee muhisemmaan ja jutut muuttuu viisaammiksi:).

Sen sijaan se meidän ryhmän odotettu juttu tuli vihdoin ja viimein ulos. Ja hyvään lehteen se pärähtikin, Nature Climate Change-nimiseen melko kovien juttujen joukkoon, mistä ollaan oltu tosimielissämme. Juttu oli kyllä hurja työvoitto, sillä me kaikki seitsemän kirjoittajaa tehtiin aivan illoiksi ja viikonlopuiksi venähtänyttä työviikkoa koko joulukuun ajan ja jutun tuloksia täydennettiin vielä uudelleen lähettämisen deadlinea edeltäneenä yönä sähköpostin välityksellä Rovaniemen, Nottinghamin ja Oulun välillä. Vaikken ollutkaan jutussa pääkirjoitusvastuussa, silti jutun hyväksymisen jälkeen kilisteltiin Oulussa skumppaa työkäytäväporukalla jo tammikuussa. Osaksi siksi, että mun gradu Ouluun oli samasta aineistosta, ja silloin sen aineistoa paljon jahkailin käytävillä. Eikä nyt jokatyypin gradusta juttu pääse moiseen levikkiin, eikä muutenkaan välttämättä enää koskaan pääse tommoseen huippulehteen kirjottajalistaan. Parin kuukauden odottelun jälkeen juttu on nyt kaikkien nähtävissä täällä: http://www.nature.com/nclimate/journal/vaop/ncurrent/full/nclimate2147.html, mutta tuosta linkistä mentäessä kokonaisesta jutusta pittää vielä maksaa. Ehkä se muuttuu ilmaiseksi, sitten kun se tulee paperilehteen - eli ehkä taas parin kuukauden päästä.

Semmosta kesäunelmointia ja jutun mainontaa tällä kertaa.
Hei, lupasin laittaa tarinoita tundrakurssin teoriaosuuden lisäksi talven hiihtovaellusreissusta. Ei nyt tullut tarinaa, mutta tässä on kuvia onnistuneesta, ei-niin-kovin-lumisesta hiihtoretkestä:):

Kuulemisiin,
-henni


Testattu: Sekä retkisuksien saappaat että  retkimonot pitivät vettä!