perjantai 31. toukokuuta 2013

Paperit pyörii ja koneisto käy

Moi, Tieteen Kananpoikien uskollinen lukijakunta!

Ajattelin tällä kertaa tarinoida väitöskirjatyön loppuvaiheen byrokratiasta, vaikka asia tuskin kiinnostaa muita kuin samassa veneessä olevia. Aihe nyt vaan on ollut aika keskeisessä osassa meikäläisen viimeaikaisessa puurtamisessa, joten ehkä näinkin tylsälle teemalle voidaan antaa tilaa yhden kirjoituksen verran. Seuraavat ohjeet tulevat Oulun yliopiston tutkijakoulusta, eivätkä ehkä siis ole välttämättä täysin yhteneväisiä muiden yliopistojen käytäntöihin verrattuna.

Väitöskirja siis ns. lähtee prosessiin siinä vaiheessa, kun sekä yhteenveto että osatyöt alkavat olla riittävän valmiita esitarkastajille lähetettäväksi. Kaikkien osatöidenhän ei tarvitse olla vielä julkaistuja, koska väitöskirjassa saa olla myös käsikirjoitusvaiheessa olevia töitä. Oma väitöskirjani tulee todennäköisesti koostumaan kolmesta julkaistusta artikkelista ja yhdestä käsikirjoituksesta (tai katsotaan nyt, miten pian saadaan submitattua tuo populaatiogenetiikka-paperi). Tässä vaiheessa viimeistään olisi hyvä olla hankittuna kirjalliset luvat osatöiden julkaisijoilta uudelleenjulkaisua varten. Osa jatko-opiskelijoista teettää kielentarkastuksen väitöskirjalleen tässä vaiheessa, mutta moni, minä mukaanlukien, tekee sen vasta esitarkastuksen jälkeen, koska väitöskirjaan voi vielä tulla suuriakin muutoksia. Tässä vaiheessa on myös mahdollista käyttää Urkund-plagiaatintunnistusjärjestelmää, mutta aika moni jättää käsittääkseni tämän väliin.

Kuva täältä.
Keskeinen paperi, jota aletaan täyttää, on väittelylupahakemus. Perustietojen (A-osa) lisäksi siitä täytetään tässä vaiheessa myös B-osa, joka koskee esitarkastusprosessia. Ohjaajat valitsevat esitarkastajat (2 kpl), joiden tulee olla 1) tohtorin tutkinnon suorittaneita tai professoreja 2) Oulun yliopiston ulkopuolelta 3) eivät saa olla kanssakirjoittajina missään osajulkaisuissa 4) eikä heillä saa olla muitakaan yhteisjulkaisuja jatko-opiskelijan kanssa viimeisen viiden vuoden ajalta. Paperissa kysytään myös ensimmäistä kertaa väitöskirjan lopullista nimeä, ja sen päättäminen ei ollutkaan mikään helppo juttu. Lomakkeeseen tulee allekirjoitukset sekä pääohjaajalta että seurantaryhmän puheenjohtajalta. Lomakkeen C-osan voi jättää vielä tässä vaiheessa täyttämättä.

Kuva täältä.


Väittelylupahakemus toimitetaan koulutuspäällikölle, joka toimittaa sen seuraavaan tohtorikoulutustoimikunnan kokoukseen. Oma hakemukseni on nyt tässä vaiheessa, ja se toivottavasti käsitellään seuraavassa toimikunnan kokouksessa, joka on 18.6. Esitarkastajikseni suostuivat onneksi he, keitä ohjaajani kysyivät ensimmäisenä, joten esitarkastajien saaminen sujui kivuttomasti. Lomakkeeseen piti laittaa perustelut, miksi juuri kyseiset esitarkastajat sopivat tarkistamaan minun väitöskirjaani, sekä heidän julkaisuluettelonsa. 

Toimikunta toivottavasti hyväksyy kokouksessaan esittämämme esitarkastajat, jolloin virallinen esitarkastus voi alkaa. Itse kyllä olen jo lähettänyt suurimman osan materiaaleista esitarkastajille aikaa säästääkseni, vaikka virallista esitarkastuslupaa ei olekaan vielä saatu. Olemme sopineet esitarkastajien kanssa alustavan päivän, mihin mennessä he yrittävät saada esitarkastuksen tehtyä. Virallisesti aika on yleensä maksimissaan kaksi kuukautta, joten minun tapauksessani esitarkastus pitäisi olla valmiina 1.8. mennessä. Esitarkastajat kirjoittavat virallisen lausunnon, jossa he esittävät joko väitöskirjan hyväksymistä sellaisenaan, väitöskirjan hyväksymistä tietyillä korjauksilla (toisinaan he haluavat vielä nähdä korjatun version, toisinaan eivät) tai väitöskirjan hylkäämistä. 

Esitarkastajien kommenteista riippuu, kuinka kauan korjauksessa kestää. Tässä vaiheessa sitten täytetään lomakkeen C-osa, johon tulee esitykset vastaväittäjästä ja kustoksesta. Sitten lappunen lähtee taas kerran tohtorikoulutustoimikunnan kokoukseen. Itselläni olisi haaveena saada oma hakemus toimikunnan elokuun kokoukseen, mutta saa nähdä, ehtiikö se sinne. Kunhan väittelylupa on myönnetty, voidaan aloittaa väitöskirjan painoprosessi, johon siihenkin saa varata aikaa useamman viikon verran. Painoprosessiinkin liittyy kaikenlaista lappusten täyttelyä ja erinäisten ihmisten tapaamista, mutta en kirjoita siitä sen enempää, koska aihe ei ole itsellenikään vielä kovin ajankohtainen.

Kuva täältä.

Kunhan Kirja on tullut painosta, olisi sitten seuraavana ohjelmassa... väitöstilaisuus! Huh.


Tällaisia asioita on siis tullut pyöriteltyä viime aikoina. Lisäksi minulla on kesäkuussa edessä viimeinen kirjatentti, johon en tosin ole muuttokiireiden takia ehtinyt lukea viime päivinä ollenkaan. Toivottavasti ehtisin lukea kirjan läpi ennen tenttiä, että voisin sitten hyvällä omallatunnolla pitää pienoisen kesäloman.

Aurinkoa ja rauhaa,

Anni

perjantai 24. toukokuuta 2013

Lehtijuttu!

Hei vaan!

Tieteen Kananpojat-blogi on "poikinut" lehtijutun! Meihin otti yhteyttä Kalevan toimittaja, joka tahtoi tehdä jutun väitöskirjan tekijän ja ohjaajan suhteesta Sunnuntai-liitteen Suhteellista-palstalle. Haastateltavaksi valikoiduin minä ohjaajani Kyöstin kanssa. Juttu löytyy viime sunnuntain 19.5.2013 Sunnuntai-liitteestä otsikolla Torakan silmien lumoissa. Valitettavasti en voi linkittää juttuun, sillä se taitaa olla olemassa vain paperilehdessä.

Minun aikani on kulunut artikkelin parissa. Olen tuottanut aika paljon tekstiä ja lukenut sitäkin enemmän lähdemateriaalia. Lukeminen ja asioiden käsittely mielessä sujuu nyt paremmin kuin oikeasti vuosiin. Ällistyttävä tunne. En tiedä, olenko vielä lähelläkään sitä flow-tilaa, jolla jotkut artikkelin kirjoitusta kuvaavat, mutta ainakin tämä etenee! Lisäksi laadin oikein suurieleisesti laajan esseekysymyksen neurotieteen kurssin tenttiin, ja tänään olen saanut nauttia sen tarkastamisesta. Aikaa vierähti! Lisäksi kävin tänään kuuntelemassa väitöksen aiheella Suomen susipopulaation entinen ja nykyinen geneettinen rakenne ja monimuotoisuus. Ainakin Yle näyttää jo uutisoineen väitöksestä. En nyt kommentoi asiaa enempää, jos vaikka Anni tahtoo kirjoittaa siitä painavan sanansa.

Kuten viime kerralla lupailin, pistän tähän loppuun valokuvina muutaman löyhästi luonnontieteellisen kohokohdan taannoiselta Britannian-reissultani.

 Ensin hieman geologiaa: Giant's Causeway. Täällä olin halunnut käydä vuosien ajan!



Sitten biolgiaa:
Entinen laukkahevonen, nykyinen siitorori Bahamian Bounty Newmarketin kansallisesta siittolasta. Vierestä nähtynä heppa oli aivan järkyttävä lihaskimppu.

Erilaiset narsissit ovat Britanniassa sama kuin voikukat täälläpäin: varma kesän merkki.
Pieni harmaa paskiainen.
Paleontologiaa:

Vanhojen ystävien jälleennäkeminen. Opiskellessani Manchesterissa minulla oli tapana huonoina päivinä mennä Manchester Museumin fossiilisaliin ja istuksia hetki Stania katsellen. Sillä sai ajatukset raiteilleen. Fossiilisali oli onneksi entisellään, sillä eläinmuseon puoli ja Egyptiosasto oli pilattu täysin! Täytettyjen eläinten tilalla oli mm. dodopehmoleluja ja tekohampaita ja muumiot oli viety pois näkyviltä lukuunottamatta yhtä, josta näkyivät peiton alta vain kasvot ja jalkaterät.






















 Biokemiaa (he-he):

Tutustuminen Greene Kingin panimolle.
Ja olut-aasinsillan kautta lopuksi genetiikkaa:

The Eagle -pubi Cambridgen yliopistolla. Täällä Watson ja Crick ensimmäistä kertaa julistivat keksineensä DNA:n kaksoisjuosterakenteen vuonna 1953. Pubissa tarjottiin alea nimeltä Eagle's DNA. Pikku biologi oli ihan täpinöissään. Kävimme myös ihastelemassa vanhan Cavendish-labran porttia. Pyhiinvaellus-meininkiä! Kaiken tämän jälkeen iltapäivällä rentouduimme sauvomalla Cam-joella.
No, tämä oli nyt tällainen kevennys. Järkevämpää asiaa taas ensi kerralla.

torstai 16. toukokuuta 2013

Se aika vuodesta - maastoaika!

Aurinkoista torstaita lukijoillemme! Kirjoitan nyt päivän etuajassa, sillä huomisen olen mitä todennäköisimmin Hailuodossa sirrinpesiä etsimässä (mikäli flunssanpoikanen ei tästä pahemmaksi muutu, kop kop). Maastokausi vuosimallia 2013 alkoi omalta osaltani maanantaina. Vaikka kevät on myöhässä, suosirreillä on jo täysi tohina päällä ja muninta käynnissä. Kolme pesää on jo löytynyt, ja vanhoja tuttuja, värirenkaallisia sirrejä sekä uusia, renkaattomia tai metallirenkaisia nuoria on rannat täynnä.

Tämän päivän olen ollut orastavan kurkkukivun ja yskän vuoksi toimistolla. En jaksaisi taas sairastaa, eihän siitä ole kuin muutama viikko kun viimeksi olin kuumeessa! Nyt on ollut aivan kummallinen kevät, kaikki tuntuvat olevan koko ajan kipeinä, ja minullakin tämä on neljäs tai viiden flunssa tälle vuodelle. Ulkona on kyllä mitä mainioin ilma, joten toisaalta harmittaa etten lähtenyt maastoon, mutta toisaalta tänään olen saanut (vihdoin ja viimein) muutettua kaikki kamppeeni vanhasta huoneestani tänne eläinmuseon yläkertaan, eli siinä mielessä ihan hyvä että pidin maastovälipäivän. Täällä alkaa jo olemaan oikein kodikasta. :)

Alan heti maastohommien jälkeen tekemään labratöitä ja analyysejä Itämeren etelänsuosirrin populaatiorakennejuttua varten (joka tulee olemaan väitöskirjani III-työ). Sain jo osan labroista tehtyä alkuvuodesta, mutta niitä piisaa vielä rutkasti lisää. Suosirrin syrjähyppy-, eli näillä näkymin väitöskirjan II-työ, saa jäädä hetkeksi tauolle, se ei ole edennyt, ei sitten ollenkaan, ja haluan tehdä jotain muuta välillä. Sitä ovat oman saamattomuuteni ynnä muiden probleemien lisäksi vaikeuttaneet myös kansainväliset yhteistyökuviot, jotka eivät nekään ole edenneet toivotulla tavalla. Senkin vuoksi luulen, että III-työhön keskittyminen tekee minulle pelkästään hyvää. III-juttu on kuitenkin tehtävä jossain vaiheessa, joten parempi aloittaa ajoissa. 

Voisin periaatteessa aloittaa labrat vaikka heti, mutta ilmottauduin juuri tohtorintutkinnon loppukuulusteluun, joka pidetään kesäkuun puolessa välissä. Seuraava kuukausi menee siis paitsi hyvin tiiviisti maastossa, myös nenä kirjassa (täytyy kuitenkin huomauttaa, että tentin nyt ensialkuun vain 200-sivuisen kirjan, en kaikkea tuhatta sivua, jotka koko loppukuulustelu yhteensä vaatii). 

Jos vapaa-aikaa jää, vietän sen todennäköisesti palstalla kurpitsoita ja herneitä istutellen ja rikkaruohoja kitkien. Ja takapihalla kasvihuoneessa (kyllä, minulla on ihan oma viiden neliön kasvihuone!) kurkkuja ja tomaatteja ihastellen. Eipä käy aika pitkäksi!

Oikein hyvää kevättä/kesää kaikille!

Nelli

perjantai 10. toukokuuta 2013

Oxfordin näätäeläinkonferenssi

Hei!

Osallistuin maaliskuussa Oxfordissa pidettyyn näätäeläinkonferenssiin (sis. näätäeläimet, haisunäädät, puolikarhut ja kultapandat). Järjestävinä tahoina olivat Oxfordin yliopiston alaisuudessa toimiva WildCRU (Wildlife Conservation Research Unit), IUCN Otter Specialist Group sekä Small Carnivore Specialist Group. Konferenssi alkoi drinkki-tilaisuudella maanantai-iltana, ja tiistaista torstaihin saimme nauttia kiinnostavista esityksistä. Puheiden ja postereiden lisäksi ohjelmaan kuului iltaluentoja, pubikierrosta sekä gaalaillallinen.

Majapaikkani Oxfordissa: Lady Margaret Hall

Tämä oli ensimmäinen kertani Iso-Britanniasta ja täytyy kyllä todeta, että maasta jäi oikein mukava käsitys tämän reissun perusteella. Matkustaminen sujui vaivattomasti, ja lyhyt lento Helsingistä Lontooseen tuntui ihanan joutuisalta viimekertaiseen Kanadan reissuun verrattuna. Lontoosta matkasin Oxfordiin bussilla. Ihmiset kaikkialla olivat todella ystävällisiä ja avuliaita. Säät olivat vielä aika koleat, sillä myös Iso-Britanniassa on ollut tavallista kylmempi ja myöhäisempi kevät. Oxfordissa parasta olivat vanhat rakennukset, joista oikein huikui pitkä historia ja omaleimaisuus. Valitettavasti minulla ei ollut kauheasti aikaa kierrellä kaupunkia, sillä konferenssi-esitykset olivat niin kiinnostavia, että halusin kuunnella ne kaikki. Lontoossakin ehdin tehdä vain pikavisiitin sinne kaikkein pyhimpään, eli Natural History Museumiin. 

University Parks, Oxford

Konferenssissa pidin 20 minuutin suullisen esityksen ahman habitaatinvalinta -artikkelistani, josta olen kertonut täällä blogissakin. Onneksi esitykseni oli jo ekan päivän iltapäiväosuudessa, joten minun ei tarvinnut jännittää kauaa :) Itse esitys meni mielestäni ihan hyvin, mutta kysymyksiin, tai siihen yhteen ainoaan, olisin voinut vastata paremminkin. No, tiedänpä ainakin, että tilastoasiat ovat edelleen se mun heikoin lenkki, ja yritän muistaa tämän valmistautuessani joskus tulevaisuudessa omaan väitöstilaisuuteeni :)


Yliopiston kampuskatu oli täynnä mitä hienompia rakennuksia...

... mutta eläinekologithan tunnetusti viihtyvät ulkona, joten eläintieteen laitoksen ulkoasuun ei ole kauheasti panostettu. Kontrasti oli aika suuri muiden laitoksien rakennuksiin verrattuna :)

Voisin nostaa tässä esiin muutamia mieleenjääneitä esityksiä. Ensinnäkin, oli ilo tavata livenä David MacDonald ja vaihtaa pari sanaa hänen kanssaan ahmoista. Herran nimi on tuttu monista artikkeleista, mutta tarkkaa käsitystä minulla ei ollut hänen tutkijaprofiilistaan. MacDonald on WildCRU:n perustaja ja puheenjohtaja, professori Oxfordin yliopistossa, useita kirjoja ja yli 300 tutkimusartikkelia julkaissut todella mukava ja lämminhenkinen skotti. Hänen tavoitteenaan on ollut "to undertake original research on aspects of fundamental biology relevant to solving practical problems of wildlife conservation", ja tutkimustyötä hän on tehnyt mm. mäyrien, minkkien, leijonien ja etiopiansusien parissa.

David MacDonald. Kuva täältä.

Toinen artikkeleista tuttu nimi oli Rosie Woodroffe, joka piti konferenssissa iltaesityksen. Hän on minulle tuttu nimi joistakin suurpetojen suojelubiologiaan liitttyvistä julkaisuista. Rosie on ollut aktiivisesti mukana tutkimassa mäyrä-tuberkuloosi-karja -konfliktia Iso-Britanniassa. Lyhykäisyydessään homma on mennyt näin: mäyrät ovat tartuttaneet tubia karjaan, jonka takia aloitettiin massiiviset mäyrien poistot (ampumiset) alueelta. Pian kuitenkin huomattiin, että ampumisten seurauksena karja infektoituu entistä enemmän. Syynä saattaa olla esimerkiksi se, että pyynnin takia mäyräyhteisöt hajoavat, eläimet liikkuvat enemmän ja tartuttavat helpommin karjaa. Maanviljelijät ja poliitikot eivät kuitenkaan ole kuunnelleet tässä tutkijoita, vaan ampumisia on jatkettu... Aihe oli kiinnostava, koska siinä linkittyi yhteen niin biologia, lajien suojelu kuin politiikkakin.

Muita mieleenjääneitä esityksiä (otsikot vapaasti suomennettuina):
- Andrew Kitchener: Miksi näätäeläimiä on niin paljon?
- Carolyn King: Pienet näätäeläimet Uudessa-Seelannissa & invaasioekologia
- Roger Powell: Haasteet tutkia pikkupetoja, jotka piiloutuvat, uivat, kiipeävät, haisevat ja monilla muilla tavoilla tekevät itsestään vaikean tai epämiellyttävän (pointsit esityksen nimestä :D)
- Andrzej Zalewski: Näädän ja soopelin erilaiset adaptaatiot
- Tom Serfass: Voivatko saukot ja kalastajat jakaa saman joen?
- Kaikki esitykset, jotka koskivat itselleni vieraita lajeja, kuten kultapandaa, jättiläissaukkoa, täpläskunkkia, olingoa, kinkajua, mustajalkahilleriä...

Kultapanda. Kuva täältä.

Esitykseni jälkeen useat ihmiset tulivat juttelemaan ja kyselemään tarkemmin tutkimuksestani. Ahma oli selvästi monelle hyvin eksoottinen laji. Lähes kaikki totesivat, että Suomen riistakolmiolaskenta (jonka aineistoa olen käyttänyt habitaatinvalinta-työssäni) on mahtava tapa kerätä pitkää aikasarjaa eläinten runsauksista ja levinneisyyksistä. Ja niinhän se on. Suomi on lähes ainoita maailman maita, jossa käytetään riistakolmiolaskennan tapaista, laajaa ja koko maan vuosittain kattavaa menetelmää lajien runsaudenseurannassa. Olkaamme siitä ylpeitä! Tällä hetkellä riistakolmiolaskennat ovat lähes täysin metsästäjien vastuulla, mutta mielestäni myös esim. biologit voisivat jatkossa osallistua siihen enemmän -monet meistä kuitenkin hyödyntävät tuota aineistoa.

Kinkaju. Kuva täältä.

Tämä oli ehdottomasti esityksien perusteella kiinnostavin konferenssi, johon olen osallistunut. Lukuisia kertoja konferenssin aikana minut valtasi vahva tunne siitä, että A) luonto on täynnä upeita ilmiöitä B) biologit pystyvät tekemään uskomattoman mielenkiintoista työtä ja C) olen onnekas saadessani olla osa tällaista yhteisöä. Vaikka en tarkalleen tiedä vieläkään, mitä haluan tehdä tulevaisuudessa, tulin entistä varmemmaksi siitä, että biologia on se mun juttu.

Ensi kerralla voisin kertoa siitä, millainen prosessi on edessä siinä vaiheessa, kun paketti alkaa olla kasassa, ja tekstit pitäisi saada esitarkastajille. Itse olen nimittäin nyt juuri siinä vaiheessa: esitarkastajat ja vastaväittäjä on valittu, ja paperini ovat matkalla tohtorikoulutustoimikuntaan.

Palataan.

Anni

perjantai 3. toukokuuta 2013

Artikkelihommia


Minulla oli tarkoitus viettää vappu artikkelini parissa, mutta sainkin sen kommentoituna takaisin vasta tänä aamuna. No, vapaapäiväthän ovat aina tervetulleita, vaikka ihan vasta lomalta palasinkin. Artikkelin kirjoittamisen sijaan alkuviikko on mennyt muun muassa matka-apurahahakemuksia täyttäessä. Posterini on hyväksytty Kansainväliseen selkärangattomien näkökonferenssiin! Pääsen siis elokuussa reiluksi viikoksi Ruotsiin, jos vain rahoitus järjestyy. Laitoin hakemusta menemään UniOGS:lle (Oulun yliopiston tohtorikoulu) ja ylimenevältä osalta Luonnontieteelliselle tiedekunnalle, vaikkakin LuTK:n matka-apurahat ovat ensisijaisesti tarkoitettu jo väitelleiden tutkijoiden liikkuvuutta varten. Katsotaan nyt, mitä voin saada ja mistä.

Artikkelini kommentteja pääsin tarkastelemaan tänään. Saatesähköpostiin proffamme oli kirjoittanut, että tekstini on ”hyvää/erinomaista, mutta lisää tarvitahan, notta.” Täytyy kirjoittaa tuloksista laveammin, ja mm. pohdinta on kokonaan aloittamatta. Sen lisäksi minun on tehtävä varsinaiseen artikkeliin tulevat kuvat alusta alkaen uusiksi. Kun tekstiä alkaa karttua, täytyy ruveta myös kirjoittamaan jokin tietty julkaisukanava mielessään. Eka lehti, johon juttuani yritetään saada, on toki jo aiemmin päätetty. Kunhan artikkeli alkaa pääpiirteissään olla kasassa, raakileesta tehdään ”presubmission enquiry”, eli lehdeltä tiedustellaan, olisiko se kiinnostunut tällaista materiaalia julkaisemaan. Se säästää meiltä vaivaa, ja voimme nopeammin lähestyä muita julkaisukanavia, jos tutkimus ei sitten olekaan kyseisen lehden linjan mukainen.

Tajusin vappuna, että minulla tuli täydet neljä vuotta täyteen biofysiikan tutkimusryhmän jäsenenä. Hyvänen aika! Pitäisikö täältä joskus valmistuakin?

Ajattelin laittaa tähän loppuun kuvan tai pari lomareissumme biologisista huippuhetkistä, mutta emme ole vielä ehtineet käydä reissukuvia läpi. Ehkäpä seuraavalla kerralla sitten. Sen sijaan jaan kanssanne tämän eilisen Hesarin Wumo-pilakuvan, koska juuri nyt se kolahtaa. Uskon myös näyttäväni kirjoittaessani ihan norpalta.

Rattoisaa viikonloppua!