perjantai 30. maaliskuuta 2012

Nelli tykkää bilsasta

Vai että sadas blogimerkintä! Hienoa, sehän tarkoittaa sitä että vaikkei nyt ihan joka viiko ollakaan jaksettu kirjoittaa, hyvin ollaan aikataulussa pysytty. Nopeasti aika kyllä menee, ei voi muuta sanoa.

Minä olen jälleen ollut opettamassa molekyyliekologian kurssilla. Pääsin opetushommiin hieman yllättäen, kurssin vastuuhenkilön jäädessä vähäksi aikaa pois töistä surullisen tapahtuman, isänsä kuoleman takia.

Eilein opetimme työkaverini Suvin (joka tutkii muuttohaukkojen ja merikotkien genetiikkaa, ja teki gradun pajusirkusta) kanssa isyysanalyysien tekemistä ja extra-pair -poikasten etsimistä talitiaisten mikrosatelliittiaineistosta kymmenpäiselle opiskelijajoukolle. Voinen sanoa, että kovin kauaksi omasta tutkimusaiheesta ei siis näytä pääsevän vaikka näennäisesti ihan jotain muuta tekeekin. Olipahan tuttu aihe, ja tuli siinä samalla itsekin kerrattua isyysanalyysiohjelman periaatteita.

Opetushommien lisäksi Scientific Writing Workshop pyörii jälleen - luemme siis toistemme käsikirjoituksia ja yritämme parhaamme mukaan tehdä niistä parempia ja julkaisukelpoisempia. Tällä kertaa käsittelyssä on vanhan tuttavamme
Ullan käsikirjoitus. Tsemppiä Ullalle, ja toivotaan että meistä on jotain hyötyä! Itse asiassa pitäisikin pyytää Ullaa vierailemaan täällä uudestaan, johan viime kerrasta on aikaa. Olisi mukava jakaa hänen kuulumisensa täällä! :)

Oman aineiston korjaaminen etenee ihan mukavasti. Yritän parhaani mukaan saada sen valmiiksi ennen maastokautta, koska en yksinkertaisesti halua enää kesän jälkeen jatkaa tätä. Haluan päästä labraan tekemään kaikki rästiin jääneet DNA-eristykset, sekvensoinnit ja mikrosatelliittiajot, analysoimaan ne, ja vihdoinkin kirjoittamaan.

Motivaatio on onneksi pysynyt hyvänä. En ole lannistunut, vaikka aineisto on valtava ja hommaa riittää. Liekö yksi syy siihen ystäväni Peten hurja tahti omassa jatko-opiskelussaan. Pete tutkii käyttäytymisekologiaa kenttäsirkoilla, ja on nyt ollut jatko-opiskelijana vuoden kauemmin kuin minä (eli vuoden 2009 alusta). Hän sai juuri lähetettyä neljännen artikkelinsa lehteen, aikoo väitellä syksyllä, ja on jo käynyt katsomassa post-doc -paikkaa Saksasta. Siinä on tahti kohdillaan!

Toinen mainio motivaattori aineiston korjaamiselle on se, että yksinkertaisesti tykkään mikrosatelliittialleelikäppyröistä. Ne on oikeesti tosi kivoja! (Ja tietenkin se, että tunnollisena jatko-opiskelijana minun täytyy korjata data, muuten teen huonoa tutkimusta.)

Kolmantena voisin mainita, suht vaatimattomasti, itse biologian. Se vain on aivan älyttömän mielenkiintoista. Kaikki siihen liittyvä. Ekologia, käyttäytyminen, eritoten genetiikka, tutkimustyö, sekvensointi, maastohommat, luonto-ohjelmat, pöllöt, eläimet, luonto, metsä, kasvit, ja sanotaan nyt ne linnutkin. On tämä elämä välillä hienoa.

Oikein mukavaa viikonloppua kaikille lukijoille! Huomasin juuri että teitä onkin paljon - vähän yli kuukausi sitten päivittämäni kävijälaskuri huitelee jo reippaan 700 hujakoilla!

Nelli

perjantai 23. maaliskuuta 2012

Muistelua

Hei!

Ensi viikon kirjoitus on tämän blogin sadas postaus. Science Chicks -blogin ensimmäinen kirjoitus julkaistiin Annan toimesta 8.1.2010, eli Tieteen Kananpojat on ollut olemassa jo yli kaksi vuotta. Sen kunniaksi ajattelin selailla blogimme arkistoa ja tehdä pientä yhteenvetoa siitä, miten väikkäriprojektini on edistynyt tänä aikana.

2010

Vuoden 2010 kirjoituksissani korostuu selkeästi maastotyöt ja aineiston keruu. Jo silloin (aiheellisesti) murehdin sitä, saammeko riittävästi ahmoja pannoitettua. Vuonna 2009 aikana olimme pannoittaneet vain yhden ahman, Eeki-uroksen Sonkajärveltä. Kirjoituksista kuitenkin huomaa, kuinka lukuisista ongelmista huolimatta myös nautin maastotöistä. Syksyllä 2010 pannoitimme vielä kaksi ahmaa, Seita-naaraan Vieremällä ja Tahvo-uroksen Lieksassa. Tahvon panta ei kauaa toiminut, mutta Seita-ahman jäljillä tuli vietettyä useampi kuukausi. Tässä joitakin poimintoja kirjoituksistani:

29.1.2010 (maastotöistä): "Hymyillen katselin ahman kömpelöitä ja hellyyttävän suuria tassunjälkiä, jotka kuitenkin sinnikkäästi paarustivat upottavassa lumessa suoraan ja päättäväisesti eteenpäin. Silloin päätin, että siihen minunkin tulisi pyrkiä työssäni: vastaantulevista risukoista ja kasvoille kipeästi osuvista oksista huolimatta kulkisin sinnikäästi kohti määränpäätä."

26.2.2010 (talvikenttis): "Oli kyllä huikean erilaista olla kurssilla opettajana verrattuna siihen, kun viisi vuotta sitten olin samaisella kurssilla opiskelijana. Opiskelijana kurssi on jäänyt mieleen lähinnä rentona hiihtolomana. Nautittiin hiihdosta ja myös afterski otettiin vakavasti. Opettajana tunsin taas olevani rättiväsynyt illalla, ja menin yhdeksän jälkeen nukkumaan lähes joka päivä :)"

13.5.2010 (tutkimuslajin tuskastelua): "Te kaikki onnellisessa asemassa olevat tutkijat, jotka tutkitte helposti hankittavia lajeja, kuten vaikkapa kastematoja tai banaanikärpäsiä: viettäkää kunnioittava ja palvova hiljainen hetki kohdelajianne kohtaan ja olkaa tyytyväisiä ;) Ahma ei nimittäin ole sellainen laji, jonka voit saada käsiisi kääntämällä kiven metsässä nurin tai avaamalla labran oven."

20.8.2010 (ulosteanalyysipreparaatit): "No, käytännössä se ei mene noin ruusuisesti. Preparaatit eivät onnistu läheskään aina. Lakkaa saattaa olla liian paljon tai liian vähän (enhän minä osaa edes kynsiäni lakata...), karva ei aina kiinnity kunnolla eikä ulosteen karvat ole aina "sopivia" preparaatin tekoa varten."

16.9.2010 (ahman piilokojukyttäystä): "Sain mm. katsella tämänkesäisten ahmanpentujen painimista ja näin kuinka emo kantoi niille ruokaa haaskalta. Lisäksi ahmat olivat parhaillaan metrin etäisyydellä minusta. Taustalla suolammessa uiskenteleva ja huuteleva kuikka kruunasi illan taianomaisuuden. Aamulla usvaisen lammen rannalla varovasti liikkuva ahma oli myös kaunis näky."

2011

Vuonna 2011 aloin entistä enemmän havahtua tilanteeseen, ettei minulla ole vieläkään yhtään julkaisua tai edes lähes-valmista kässäriä. Toisaalta myös maastotyöt jatkuivat ja oli painetta saada lisää ahmoja pannoitettua. Alkuvuodesta kävin lomamatkalla Dubaissa, ja tämän jälkeen työ tuntui saavan uutta vauhtia. Tein ulosteanalyysejä ja metsästin riistakolmiolaskentamappeja ympäri Suomea. Ahma-aihe oli myös melko paljon mediassa ja sain useita yhteydenottoja ja havaintoja ahmoista kiinnostuneilta kansalaisilta. Sain alustavia tuloksia ravintoaineistoista ja kässärien kirjoittaminen alkoi. Yritimme pyydystää ahmaa pannoitusta varten myös Sotkamossa, onnistumatta. Pidin esityksen Kaamos Symposiumissa ja kävin RKTL:n jatko-opiskelijoiden tapaamisessa. Tässä muutamia poimintoja vuodesta:

14.1.2011 (Seita-ahman seuranta): "Muutaman kerran Seita on myös onnistunut "eksyttämään" minut, kun olen huomannut palanneeni omille jäljilleni tai kun jäljet näyttävät yhtäkkiä loppuvan kuin seinään :)"

4.2.2011 (seurantaryhmä): "Seurantaryhmässä minulta myös kysyttiin, olenko niitä jatko-opiskelijoita, jotka kärsivät ns. ikuisen maastotyövaiheen syndroomasta."

23.6.2011 (kirjoittamisesta): "Olen aina pitänyt kirjoittamisesta, oman tekstin luomisesta, ja ehkä jotenkin naiivisti ajattelin, että kässärienkin kirjoittaminen on minulle helppoa. Hah!"

2.12.2011 (haikeutta ilmassa): "Päätin nimittäin, että maastotyöt loppuvat kohdallani, koska nyt on todellakin keskityttävä kirjoittamiseen. Viikonloppuna on edessä ahmaloukun hakeminen pois maastosta ja siirtyminen Oulun tutkijankammioon."

Kaikenlaista on siis tullut koettua ja nähtyä näinä vuosina, ja mielenkiinnolla odotan, millaisia tulevista vuosista muodostuu. Jos minulla olisi kristallipallo, kysyisin kyllä ensimmäisenä, milloin tulen väittelemään :) Tällä hetkellä siis minulla on valmistunut kolme kässäriä rinnakkain. Niissä kaikissa on kirjoitettuna kaikki artikkelin osiot (johdanto, menetelmät, tulokset, pohdinta), mutta melkoista hienosäätöä ne vielä kaipaavat. Yksi niistä on vähän valmiimpi kuin muut. Olen myös huomannut puhuvani niistä kuin omista lapsistani :D Ensi viikon tiistaina on seuraava palaveri ohjaajien kanssa, joten on olemassa hyvä syy ruoskia itseni tekemään kovasti töitä tulevana viikonloppuna.

Anni

sunnuntai 18. maaliskuuta 2012

Uskottavaa tiedettä?

Olin perjantain pois töistä, joten tämän viikon merkitä tulee vasta nyt. Pahoitteluni. Tällä kertaa kirjoitan tieteen totuudenmukaisuudesta. Pyrin kirjoittamaan tämän tekstin viittaamatta suoraan kyseiseen aiheeseen tai tekijään, mutta katsotaan miten se onnistuu. Kyseessä on tapaus, joka tahraa Oulun yliopiston mainetta tiedeyliopistona.

Pari viikkoa sitten yliopistolla nousi melkoinen kohu eräästä tekniikan alan väitösilmoituksesta. Aihe oli melkoisen raflaava, suorastaan epätieteellinen, ja kiinnitti siten huomiota. Väitöskirja oli luettavissa PDF-muodossa yliopiston sivuilla jo ennen väitöstilaisuutta. Useat tahot huomasivat suuria tieteellisiä puutteita väitöskirjassa ja sen osajulkaisuissa, ja valmistelivat kommentteja esitettäväksi väitöstilaisuudessa. Meidän tutkimusryhmässämme väitösilmoitus herätti niin suurta närkästystä, että päätimme porukalla mennä seuraamaan väitöstä.

"Väittely" tapahtui englannin kielellä, sillä vastaväittäjä oli ulkomailta. Ilmeisesti väittelijän englannintaito ei ollut aivan väitöksen vaatimalla tasolla, sillä hänellä oli vaikeuksia vastata vastaväittäjän kysymyksiin. Väitöstilaisuus oli alusta loppuun muiltakin osin eriskummallinen. Väittelijä piti auksi yleisölle suomenkielisen lektion, jossa hän kävi läpi väitöstutkimuksen pääkohdat. Lektion jälkeen vastaväittäjä piti oman alustuksensa, jossa hän keskittyi kehumaan väittelijää rohkeudesta ottaa tällainen vaikea aihe väitöstyökseen. Väitöstilaisuuden tähän osaan ei yleensä kuulu väittelijän vuolas ylistäminen, sillä varsinainen väittely ei ole vielä edes alkanut!

Väittelyn aikana kävi usein niin, että vastaväittäjä esitti kysymyksen, johon väittelijä mutisi epäselvällä ja hiljaisella äänellä jotain, usein asian vierestä. Tähän vastaväittäjä reagoi yleensä kysymällä: "tarkoititko vastauksellasi tätä...", ja piti parin minuutin luennon kysymyksen aiheesta, osoittaen sanansa usein enemmänkin yleisölle kuin väittelijälle. "Luennon" pääätteeksi väittelijä sanoi tarkoittaneensa juuri sitä. Käytännössä vastaväittäjä siis vastasi itse esittämiinsä kysymyksiin. Ennenkuulumatonta!

Väitös eteni hyvävelihengessä loppuun asti. Lopuksi vastaväittäjä vielä kehui väittelijää ja luki lausuntoehdotuksensa, jossa puoltaa väitöksen hyväksymistä.

Tässä vaiheessa väitöstilaisuutta kustos (väitöksen "erotuomariksi" määrätty professori) kysyy yleisöltä, onko kenelläkään mitään kommentoitavaa. Yhdessäkään väitöksessä, jossa minä tai tuttuni ovat olleet, kukaan ei ole koskaan kommentoinut mitään. Tällä kertaa kuitenkin oma professorini pyysi heti puheenvuoroa. Hän oli etukäteen tehnyt kaksi A4-arkillista muistiinpanoja väitöskirjan ja osajulkaisujen tieteellisistä puutteista ja virheistä, ja hän luki ja komentoi ne kaikki. Hän esitti tiukkoja kysymyksiä, joihin väittelijä ei osannut tai kyennyt vastaamaan. Professorini ilmoitti tekevänsä väitöksestä kirjallisen lausunnon, jossa hän vastustaa väitöksen hyväksymistä. Tämän jälkeen vielä neljä muuta henkilöä pyysi puheenvuoroa. Kaikilla oli kysymyksiä ja kommentteja väitöstyön tieteellisestä laadusta. Väittelijä ei pystynyt kysymyksiin vastaamaan, joten kustos kehotti parin kysyjän jälkeen esittämään kysymykset suomeksi. Tämä ei paljoa auttanut, sillä järkeviä vastauksia ei väittelijästä suomeksikaan herunut. Kaikki kommentoijat aikoivat esittää väitöstä hylättäväksi.

Jossain vaiheessa myös vastaväittäjä pyysi puheenvuoroa. Hän alkoi kiivaasti esittää vastakommentteja englanniksi esitettyihin kommentteihin ja kysymyksiin. Hän suorastaan haastoi oman professorini, joka sanavalmiina ja tiukkana tiedemiehenä pystyi helposti vastaamaan vastaväittäjän argumentteihin. Puoli kolmen maissa kustos keskeytti keskustelun. Kustos ei saisi keskeyttää väitöksen aiheessa pysyvää keskustelua ennen salivarauksen päättymistä (klo 16), mutta kustos ilmeisesti halusi suojella väittelijää kritiikiltä. Professorini ilmoitti lopuksi, että hän aikoo kirjata lausuntoonsa myös sen, että vastaväittäjä puolusti väittelijää, ja että kustos keskeytti väitöksen aiheesta käydyn keskustelun ennen aikojaan.

Henkilökohtaisella tasolla minun kävi väittelijää ja hänen perhettään sääliksi. Kaikille oli varmasti sanottu, että väitöstilaisuus on vain jäykkää teatteria, joka kulkee tietyn kaavan mukaan kohti onnellista loppua. Väittelijä ja katsomon keskellä istunut perhe olivat kommenttiryöpytyksen alettua silminnähden kauhuissaan. Miten ihmeessä tuollainen huuhaatutkimus on voinut päästä väitösvaiheeseen asti, kun julkinen teilaus oli takuulla ennakoitavissa?

Professorini kertoi, että kustos ja vastaväittäjä kuuluvat vanhaan "kaveriporukkaan", joka on tehtaillut arveluttavia tutkimuksia ennenkin. Ainakin yksi tämän porukan junailema heppoinen väitös on Oulun yliopistossa aikanaan hyväksytty, koska se pääsi väitösvaiheeseen asti, eikä kukaan "tolkun ihminen" vaivautunut väitöstilaisuuteen sitä vastustamaan. Professorini sanoi, ettei olisi halunnut osallistua väitöstilaisuuteen, mutta koska se oli ainoa jäljellä oleva mahdollisuus saada väitös kaatumaan, hänen oli ihan pakko osallistua ja kommentoida. Lisäksi hän sanoi, että väitöskirjan osajulkaisuista pari oli julkaistu lehdissä, joiden toimittajakunnassa työn ohjaajat itse vaikuttavat. Osa "julkaisuista" oli konferenssijulkaisuja, eli ne eivät ole edes näennäisesti käyneet läpi vertaisarviointia. Väitöskirjan esitarkistus oli ilmeisesti myös onnistuttu junailemaan kaveriporukan kesken. Käytännössä siis väitöskirjatyön kokoinen läjä paskaa on onnistunut kulkemaan usean seulan ohi jäämättä mihinkään kiinni!

Minulla on riittänyt pohdittavaa tämän tapauksen tiimoilta. Näyttää siltä, että mikäli motivaatiota on, tiedeyhteisöä ja yliopistoja pystyy jallittamaan yllättävän pitkälle. Tarvitaan tiedeyhteisön omaa tarkkaavaisuutta ja uskallusta kritiikkiin, jotta epätieteellisyys ja suoranainen taikausko eivät pääse rehottamaan yllättävissä paikoissa. Oma itsekritiikki on välttämätöntä. Jos en pysty perustelemaan asioita itselleni tai en uskalla kysyä niihin ulkopuolisen mielipidettä, teorioitani ei kannattane viedä julkiseen tarkasteluun.

Lopullinen päätös tämän väitöksen hyväksymisestä/hylkäämisestä tehdään kuulemma tämän kuun lopulla. Mikäli päätös ilmoitetaan yleisesti, kerron siitä seuraavalla kerralla.

Tässä kaikki tällä kertaa. Seuraava teksti onkin sadas blogimerkintämme! Pitäisikö sen kunniaksi pitää blogitapaaminen kahvittelun merkeissä ensi perjantaina?

perjantai 9. maaliskuuta 2012

Lisää mikrosatelliitteja

Heippa kaikille!

Tuntuu etten ole kuukaudessa edennyt mihinkään. Siispä jatkan aivan samasta aiheesta kuin viimeksikin - suosirrin mikrosatelliittiaineiston käsittelystä. Takana on kiireisin kuukausi pitkään aikaan, ja töitä on tullut tehtyä reippaalla tahdilla, mutta hommaa on niin paljon että tässä menee varmasti vielä aikaa.

Löysin aineistosta kaikenlaisia virheitä, ja olen nyt käynyt läpi kaikkien noin 600 yksilön yhdentoista mikrosatelliittilokuksen alleeleita, lokus kerrallaan. Kun saan tämän valmiiksi, voin hyvillä mielin todeta että pohjatyö on nyt tehty kunnolla ja aineistoon voi luottaa (vaikka toki sinne varmasti joitain virheitä aina jää). Alussa tuntui että edessä on aivan loppumaton urakka, mutta pakkohan tämä on tehdä, muuten tulee epäkelpoja tuloksia. Viimeiset pari viikkoa tätä on tehnyt ihan hyvillä mielin, eipähän tekeminen lopu!

Huomasin monissa tapauksissa virheen mikrosatelliittiajoissa mukana olevassa kokostandardissa, aineessa, jonka perusteella tietokoneohjelma tunnistaa ja ilmoittaa analysoiduille yksilöille niiden alleelien pituudet. Jos kokostandardi on väärin luettu, alleelikoot menevät pieleen. Ainetta siis kirjaimellisesti pipetoidaan jokaisen näytteen kanssa samaan kuoppalevyn kaivoon. Kukin näyte ajetaan elektroforeesilaitteen läpi, jossa DNA kulkeutuu tietyllä nopeudella (pidemmät DNA-pätkät hitaammin, lyhyemmän pätkät nopeammin), ja tietokone hoitaa alleelien tunnistamisen ja niiden kokojen määrittämisen juuri kokostandardin avulla.

Alla on esimerkki tapauksesta, jossa GeneMapper on laittanut kokostandardin 139-emästä pitkän piikin väärään paikkaan (vasemmalla). Tummalla on merkitty sen oikea paikka. Joudun manuaalisesti klikkaamaan kokostandardipiikkiä, deletoimaan väärän koon, klikkaamaan oikeaa piikkiä, ja lisäämään siihen äsken deletoidun numeron (oikealla).












Yksinkertaisimmissa tapauksissa homma on sillä selvä, ja alleelit ovat korjauksen jälkeen oikeilla paikoillaan, oikean pituisina. Joissain tap
auksissa kaikki piikit ovat kuitenkin väärin merkittyjä. Siinä on hiirikäsi kovilla kun klikkailee ja muuttelee kokostandardien kokoja pitkin päivää.

Alla on sitten esimerkki siitä, miten alleelikoko muuttuu kun kokostandardi korjataan. Väritin pinkillä alleelipiikeistä sen osan, jonka perusteella alleelikoko on määritetty. Vasemmalla olevassa kuvassa kokostandardi on väärä, joten suosirriyksilö numero 269 näyttäisi olevan Calp2-mikrosatelliittilokuksen suhteen heterotsygootti alleelein 128/140 (vaikka oikeastaan alleelit näyttäisivät pikemminkin osuvan kohdille 127 ja 139 - tämä oli siis hieman epäselvä tapaus, jonka perusteella tajusin lähteä etsimään virhettä kokostandardista). Oikealla näkyy sama yksilö kokstandardin korjauksen jälkeen. Nyt alleelit ovatkin selvästi 126/138!













Pienikin virhe kokostandardissa voi siis muuttaa alleelikokojen tulkitsemista. Koska virheitä näytti löytyvän kymmenistä yksilöistä, päädyin siihen että kaikki yksilöt täytyy
käydä läpi ennen kuin aineiston perusteella voi tehdä huolellisia analyysejä.

Tällä hommalla jatketaan, mutta toivottavasti ei aivan koko loppukevättä. Päivän tietokoneella istumisen jälkeen olen rentoutunut lähinnä siementen (nyt jo taimien) ja mullan parissa. Ja iltaisin taustalla näkyvän teoksen merkeissä (uni tulee mukavasti tätä lukiessa:). Kesä ja chilit, täältä tullaan!











Nelli



perjantai 2. maaliskuuta 2012

Se aika kuukaudesta...

...eli tauon paikka! Ensi viikolla jatketaan.