torstai 26. tammikuuta 2012

Impact factor

Moi!

Piti vähän aikaa miettiä, mistä kirjoittaisin tällä kertaa. Kässäreiden kirjoittaminen on edennyt, mutta niistä ei ole kyllä mitään uutta kerrottavaa. Päätin siis referoida teille joitakin kirjoituksia, joihin olen tutustunut tänään. Aiheena on siis impact factor eli ns. vaikuttavuuskerroin. Itselleni aihe on ajankohtainen, sillä olen jo vähän alkanut miettiä, missä tieteellisessä sarjassa artikkelini julkaisen.

Vaikuttavuuskerroin (impact factor, IF) on siis tilastoluku, joka kuvaa tieteellisen julkaisun merkittävyyttä. IF kertoo kuinka monta viitettä keskimäärin kyseinen julkaisu sai kahden edellisen vuoden artikkeleihinsa. Mitä suurempi kerroin on, sitä "parempi" julkaisu on. Huippulehti Naturen IF on 36.104 ja Science-lehden 31.377. Suurin osa ekologian alan sarjoista omaa kuitenkin melko pienen impact factorin, joka yleensä alkaa nollalla tai ykkösellä. Conservation Biologyn IF on 4.894, Journal of Wildlife Managementin 1.555 ja Wildlife Biologyn 0.697. Luonnollisesti tutkijat pyrkivät julkaisemaan mahdollisimman hyvässä sarjassa, joten julkaisuyritykset aloitetaan melko korkealta, ja hylkäävien vastauksien myötä mennään pikkuhiljaa alemmas.


Kaikki, kuten tämäkään asia, ei kuitenkaan ole aivan mustavalkoista: vaikuttavuuskerrointa kohtaan on esitetty myös paljon kritiikkiä. Ensinnäkin, koska IF-arvo lasketaan vain viittausten perusteella, se arvioi lehden laatua vain julkaisevien ja viittauksia tuottavien tutkijoiden osalta. Se ei ota huomioon lehden muunlaista käyttöä, kuten pelkkää lukemista, mikä voi joidenkin lehtien kohdalla olla merkittävää. Toiseksi, eri tieteenalojen erilaisia viittauskäytäntöjä ei oteta huomioon, mikä estää eri tieteenalojen välisen vertailun. Nykykäsityksen mukaan IF sopii parhaiten luonnontieteisiin ja lääketieteeseen. Luonnontieteissä, joissa pääpaino on artikkelijulkaisemisessa, on sitaattien laskeminen ollut ongelmattomampaa. Sosiaali- ja humanistisessa tieteissä sen sijaan kirjojen sulkeminen systeemin ulkopuolelle on ongelmallista. Huvittava pointti lisäksi on se, että IF ei ota huomioon viittauskontekstia eli sitä, missä mielessä artikkeliin on viitattu. Viittaus ei aina ole merkki arvostuksesta, vaan artikkeleihin viitataan monesta eri syystä, esimerkiksi virheellisten tulosten takia ;) Artikkelien saamat viittaukset lasketaan vain Thomson Reutersin tietokantaan kuuluvista lehdistä. Tietokantaan valitut lehdet painottuvat englanninkielisiin ja valitettavasti muunkieliset lehdet sekä kehitysmaissa julkaistavat lehdet ovat aliedustettuina.

Liiallinen keskittyminen IF-arvon kasvattamiseen voi johtaa vääristymiin lehtien julkaisupolitiikassa ja tieteenalojen rahoituksesta päätettäessä. Lehdet voivat esimerkiksi ryhtyä julkaisemaan enemmän review-artikkeleita, koska niihin yleensä viitataan paljon. Lisäksi tutkijat pyrkivät julkaisemaan korkean IF-arvon saaneissa lehdissä, vaikka joskus olisi tarkoituksenmukaisempaa julkaista esimerkiksi juuri artikkelin aihetta vastaavassa lehdessä.

Vaikka IF kehiteltiin alun perin eri lehtien keskinäistä vertailua varten, sitä on lisääntyvässä määrin alettu käyttää ”oikotienä” myös yksittäisten artikkeleiden tai jopa tutkijoiden tai tutkijaryhmien vertailuun ja rankingiin. Esimerkiksi Brasiliassa impact factoria on käytetty tärkeänä parametrinä yliopistojen jatkokurssien, laitosten ja apurahaehdotusten arvioinnissa ja jopa arvioitaessa yliopistovirkoihin ehdolla olevien tieteellistä tuotteliaisuutta. Helsingin yliopiston kansleri Kari Raivio on arvioinut, että Suomessa ainakin yliopistojen lääketieteellisessä tutkimuksessa ollaan erityisen aktiivisia IF:n käyttäjiä tutkimusrahojen jaossa. Hän on todennut, että ”yhden impact factor -pisteen keskihinta on noin 80 000 mk”.


Myös manipulointia harrastetaan. Toimittaja voi pyytää, että kirjoittaja lisää viittauksia lehden aikaisempiin artikkeleihin. Muita tapoja nostaa vaikuttavuuskerrointa on luoda keskusteluja, joissa viittaukset aikaisempiin artikkeleihin ovat välttämättömiä. Kiero tiedemaailma!

Viittausten jakaantuminen noudattaa usein 80/20 -ilmiötä, jonka mukaan 20 % artikkeleista saa 80 % viittauksista. On sanottu: ”Jos käytetään journal impact factoria ilmaisemaan artikkelin laatua, yliarvioidaan huonot ja aliarvioidaan hyvät artikkelit”. Yleisesti ns. hitaat tieteenalat pärjäävät IF-vertailussa huonoiten. Erityisesti perustaksonomian alalla tutkimus on erittäin kallista ja hidasta, mutta hyvä artikkeli voi kelvata lähteenä jopa sata vuotta – ilman että se näkyy impact factorissa.

Tiivistetysti voisi siis sanoa, että IF on kohtuullisen hyvä mittari, kun sitä käytetään oikein ja muistetaan olla myös kriittisiä. Ainoana mittarina ja valinnan perusteena sitä ei kuitenkaan välttämättä kannata käyttää.

Tärkeimmät lähteet tässä kirjoituksessa:
Oulun yliopiston Tutkimuksen työkalupakki
Tieteessä tapahtuu
Sarjakuvat: PhD Comics

Anni



perjantai 20. tammikuuta 2012

Vituiks Män ja muita savolaisia supersankareita

Heipä hei, lukijat!

Oma Negatiivisen Elämänasenteen™ sanansaattajanne on näppäimistön takana jälleen! Kuten arvata saattaa, mikään ei töissäni vieläkään mene niin kuin pitää. Nelli nauraa vastoinkäymisilleni aina niin makeasti, että ihan huumoriarvon vuoksi lienee paikallaan lyhyesti kertoa, mikä mättää.

Joulukuun alun punkkiräjähdyksen jälkeen torakoita on olut vain siinä kliimakaapissa, jossa punkkeja ei tuolloin ollut. Viime perjantaina pikkupirulaiset kuitenkin järjestivät yllätyksen myös ”puhtaassa” kaapissa. Sain jälleen rakkaat torakkani pelastettua, koska huomasin punkit ennen kuin ne olivat kaikkialla. Kliimakaappi kuumennettiin viiteenkymmeneen asteeseen, jolloin kaikki näkyvillä olevat punkit kuolevat. Tutkimusryhmämme diplomi-insinööri rakenteli iltapuhteinaan otsonointilaitteen, joka säteilee UV-A:ta ja muodostaa otsoonia. UV-säteily aiheuttaa DNA-vaurioita ja otsooni on eliöille myrkyllistä. Toiveena olisi, että tämä ”tuplamyrkytys” vaikuttaisi myös niihin punkkiyksilöihin, joita kuumennus ei tapa. Lienevätkö ne sitten jossain lepomuodossa kliimakaapin tiivisteiden välissä, vai miten ne kuumuudesta selviävät, en tiedä. Fakta kuitenkin on, että normaalein keinoin niistä ei näytä pääsevän eroon.

Joulun alla aloitin jälleen intrasellulaarimittaukset. Koejärjestely oli valmiina ja loppukesästä toimivaksi todettu, ja ajattelin pääseväni tarttumaan toimeen hyvinkin pian. Joulunalusviikko oli yhtä katastrofia. Joka päivä tuli eteen uusi, täysin odottamaton ongelma, joka vaati jonkin asian säätöä. Aatonaattona luulin rikkoneeni huippukalliin mittausvahvistimen, ja olin asiasta aivan palasina. Vahvistin oli onneksi kunnossa ja vika löytyi elektrodeista, ja pääsin joulunviettoon kevein mielin. Välipäivinä en uskaltanut yrittääkään mittauksia, koska töissä ei ollut ketään, jolta olisi voinut kysyä apua.

Uuden vuoden jälkeen jatkoin koemittauksia. Sama päätön meininki jatkui kuin joulun alla, kunnes lopulta viime torstaina kaikki meni niin kuin oppikirjassa. Olin riemuissani; perjantaina yrittäisin mittauksia yhdellä viidestä kallisarvoisesta koetorakastani! Perjantai meni kuitenkin ihan pipariksi yllämainittujen punkkien ansiosta. Operaatio Pelastakaa Minkä Voitte kesti nelisen tuntia, eikä sen jälkeen enää kannattanut aloittaa. Jäin siis jännittyneenä odottamaan maanantaita ja ensimmäistä varsinaista mittausta.

Maanantaina tutkimusryhmämme aamupalaverissa toinen ohjaajani sanoi kuulleensa kahdesta muusta tutkimusryhmästä, jotka ovat tekemässä hyvin samanlaista tutkimusta kuin mikä minulla on ollut työn alla jo hyvän aikaa. Meidän on pakko saada tulokset julkaistua ensimmäisinä, mikäli mielimme saada ne julkaistua niin korkealla kuin on suunniteltu. Siksipä deadlineani kiristettiin. Käsikirjoituksesta on oltava olemassa ensimmäinen vedos huhtikuussa. Ei paineita…

Lounaan jälkeen aloittelin töitä tohkeissani. Preparaatti torakasta numero 92 onnistui hyvin ja mittauslaitteisto toimi. Torakka vain ei tulosten perustella ollut ihan ”priimakuntoinen”. Mittaustuloksia tuli, mutta ne olivat aika heikkolaatuisia. Paineet kasvoivat tiistaita kohden.

Tiistain sivulla laboratoriopäiväkirjassani lukee koko sivun peittävä ”KAIKKI MENI PÄIN V*TTUA!” Ei siitä sen enempää.

Keskiviikkona olin jo niin hermoraunio, että päätin preparoida taas yhden numeroimattoman ”joutotorakan” ja kokeilla systemaattisesti, mikä mittauksissa mättää. No, keskiviikkonapa ei mättänyt yhtään mikään. Itse asiassa keskiviikon mittaukset olivat parhaimpia mitä olen koskaan tehnyt! Harmi vain, että niitä ei saatu numeroidusta eli käyttäytymiskokeisiin käytetystä yksilöstä, tosin tämäkin data menee varmasti artikkeliin.

Keskiviikon onnistumisen myötä itsetuntoni kohosi sen verran, että preparoin torstaina torakan numero 94. Preparointi sujui hyvin, mutta mittauksista ei taaskaan tullut mitään: soluja löytyi huonosti, enkä löytänyt preparaatista yhden yhtä valovastetta, eli silmä tuntui olevan kokonaan sokea. Mitä ihmettä? Torakka oli pärjännyt ihan hyvin näköön perustuvaa käyttäytymistä testaavissa kokeissa, ei se voi olla sokea. Jokin oli joka tapauksessa taas vialla, ja niin olin käyttänyt 3/5 numeroiduista torakoistani saamatta yhtään kelvollista mittausta.

Tänään en edes yritä. Olen tehnyt koko viikon töitä iltaa myöten, ja tänään ajattelin lähteä kotiin jo iltapäivällä. Toinen ohjaajani kävi kyselemässä edistymisestäni, eikä minun auttanut kuin ääni väristen kertoa, mikä täydellinen katastrofi tämä viikko on ollut. Ohjaajani nauroi makeasti ja totesi, että tervetuloa elektrofysiologian pariin!

Nyt kaulukset pystyyn ja nokka kohti ensi viikkoa ja uusia epäonnistumisia!

perjantai 13. tammikuuta 2012

Reipas startti uuteen vuoteen

Hyvää alkanutta vuotta kaikille! Palasin töihin maanantaina, unirytmi sekaisin loman jäljiltä, ihmetellen mihin ihmeeseen minä jäinkään. Tiistaihin mennessä olin taas kartalla, ja nyt olen saanut koottua koko suosirriaineiston (vihdoinkin) oikeaan muotoon exceliin ja pääsen tänään aloittamaan analyysit! Ensi viikolla voin sitten kirjoittaa menetelmät ja tulokset, sitten johdannon ja pohdinnankin ja juttu voidaan julkaista jo tänä keväänä. Tai sitten ei. Mutta kuulostaisi kivalta, eikö? Ensin kuitenkin peukut pystyyn että analyysit toimivat ja tuloksia tulee.





Tutkin nyt sitä, onko suosirreillä paljon parin ulkopuolisia jälkeläisiä (engl. extra-pair fertilization, EPF tai extra-pair paternity, EPP). Käytännössä tämä tapahtuu listaamalla vuosittain kaikkien poikasten, niiden emojen ja kaikkien paikalla olleiden koiraiden genotyypit (tässä tapauksessa mikrosatelliitit) ja tarkastelemalla vastaavatko poikasten genotyypit vanhempien genotyyppejä. Jos poikaset ovat pesän "sosiaalisen parin" jälkeläisiä (eli sen parin, joka pesällä hääräilee ja hautoo), poikasten genotyypit vastaavat vanhempien genotyyppejä (puolet poikasen mikrosatelliittialleeleista tulee äidiltä, puolet isältä).

Jollain poikasella voi kuitenkin olla ns. mismatcheja mikrosatelliiteissaan, eli puolet sen mikrosatelliittialleeleista vastaa sen äidin mikrosatelliitteja, mutta toinen puoli ei sovikaan pesän koiraaseen, sosiaaliseen isään, vaan vastaa jonkin toisen koiraan mikrosatelliitteja. Tällöin naaras on käynyt vieraissa, paritellut pesinnän aikana jonkin toisen koiraan kanssa muodostaen tämän kanssa "geneettisen parin". Osa jälkeläisistä voi siis olla jonkun toisen koiraan siittämiä.


Analyysien ja kirjoitustyön ohessa pitäisi saada tentittyä yksi kirja liittyen luonnonsuojelubiologiaan. Kevään opetushommista en vielä tiedä - saattaa olla että pääsen taas molekyylilekologian kurssille avustamaan. Minua yritettiin nakittaa myös tilastomatikan harkkoihin opettajaksi, mutta kieltäydyin kohteliaasti. Saavat laittaa asialle jonkun jolla on parempi matikkapää.

Kaiken ajattelutyön ohella on mukava välillä rentoutua aiheeseen liittyvän sarjakuvan parissa, joka tarjoaa osuvia sutkautuksia jatko-opiskelun arjesta. Jos sarjakuva käsittelee jatko-opiskelua, eikö sen lukeminen silloin kuulu työhöni? Ai ei?





Nyt niiden analyysien pariin että ehtii tämän päivän aikana saada jotain valmiiksi asti!

Nelli