torstai 29. syyskuuta 2011

Toimintaa loukulla & AIC

Hei!

Edellisessä postauksessa kerroin, että olemme virittäneet loukun tänne Sotkamoon, tarkoituksenamme pyydystää ahma pannoitusta varten. Loukku ei ole vielä onnistunut pyydystämään ahmaa, joten yritys jatkuu edelleen. Toivoa emme ole kuitenkaan vielä menettäneet, sillä ahmat vierailivat loukulla useita kertoja kuun vaihteessa. Loistavasta tuuristani kertoo se, että juuri silloin olin itse reissussa, eikä loukku siis ollut vireessä. Syötävää loukulla kuitenkin oli, ja riistakamera oli tallentanut mukavia videonpätkiä ahmaperheestä. Oli huikeaa päästä seuraamaan tutkimuseläimensä käyttäytymistä haaskalla!

Ainoastaan yhdelle videolle oli tallentunut koko ahmaperhe: emo ja sen kaksi edellistalven pentua. Niiden käyttäytymisessä oli havaittavissa selviä eroja: emo oli kaikkein varovaisin ja tuijotteli kovasti loukkua pentujen ollessa selvästi rohkeampia ja uteliaampia. Ilmeisesti toinen pennuista kiinnostui loukusta ja haaskasta niin kovasti, että vieraili loukulla useaan otteseen myöhemminkin. Videoilla ahmat ovat herkutelleet haaskalla, kiipeilleet loukun päälle, käyneet loukun sisällä, yrittäneet kaataa loukkua, kaivautua sen alle ja kiipeilleet puissa. Usein, mutta ei aina, ahmaemo vieroittaa pennut juuri näihin aikoihin syksyllä. Mahdollisesti nämäkään ahmat eivät enää jatkuvasti liiku yhdessä, mutta kohtaavat toisensa juuri tällaisilla haaskapaikoilla.

Nyt ahmoja ei ole näkynyt moneen viikkoon. Toivottavasti joku niistä kuitenkin vielä suuntaisi haaskalle ja päätyisi loukkuun. Tässä teille katsottavaksi eräs ahmavideoista:

video

Kirjoitusrintamalla asiat ovat edenneet hitaasti, mutta varmasti. Nyt olen keskittynyt eniten ahman habitaatinvalintaan liittyvään kässäriin. Jutussa siis tutkitaan, mitkä tekijät vaikuttavat eniten siihen, millaisen paikan ahma valitsee elinalueekseen. Vaikuttaako valintaan esimerkiksi asutus, pellot, tiestö, metsätyyppi ja meitä eniten kiinnostavana tekijänä suden läheisyys? Tulokset olivat suurimmaksi osaksi odotetunlaisia, mutta niitä en paljasta vielä.

Minulle uusi juttu tätä työtä tehdessä oli AIC:n (Akaike’s information criterion, Akaiken informaatiokriteeri) käyttö mallin valinnassa. Yleensähän tieteellinen päättely noudattaa perinteistä rakennetta, jossa tiettyä hypoteesia testataan tilastollisesti ja hypoteesi joko saa tukea tai ei saa tukea. Eräissä tapauksissa kuitenkin ns. informaatioteoreettinen mallinvalinta toimii paremmin. Tällöin muotoillaan etukäteen useita ehdokasmalleja, jotka ovat tutkimuksen kannalta mahdollisia ja kiinnostavia.

AIC on yksi tällaisissa tilanteissa käytetyistä indekseistä, joka huomioi paitsi mallin yhteensopivuuden havaintoaineiston kanssa, niin myös mallissa olevien parametrien määrän. Tavoitteena on löytää malli, jonka yhteensopivuus on mahdollisimman hyvä suhteessa käytettyjen parametrien määrään. Se malli, jonka AIC on pienin, on paras. Esim. R-ohjelmalla voimme pyörittää näppärästi nämä asiat silmiemme eteen (kiitos vaan kollegalleni RKTL:lle, joka teki tämän puolestani). Tuloksiin palaamme, kunhan niiden julkaiseminen alkaa olla ajankohtaista :)

Kaunista syksyä kaikille!

Anni




perjantai 2. syyskuuta 2011

Syksyn kiireet

Heippa!

Mullapa alkaa kohta opetus selkärankaisten lajintunnistuskurssilla. Koska olen kielinaisia, sain oppilaikseni kasan vaihtareita. Ensin tuntui että mihin sitä on nyt itsensä sotkenut, enhän muista lajeja (paitsi lintuja) enää itsekään, ja ei nyt olisi oikein aikaa. Mutta nyt on tosi kiva fiilis. Kurssi alkaa kahden viikon päästä, joten ehdin hyvin vielä kerrata myyrät, kallot ja kalat (ja pitää niitä lintujakin vähän katella). Opetuskertoja on yhteensä kahdeksan kahden tunnin sessiota, kerran viikossa, joten senkään puolesta ei pitäisi tulla kiire. Sitä paitsi olen reissussa silloin kun pitäisi opettaa myyrät, eli en välttämättä joudu opettelemaan niitä itse lainkaan! Toisaalta ei tekisi pahaa muistella miten pelto- ja metsämyyrän erottaa toisistaan.

Lähetin eilen lapinsirriartikkelin korjatun version uudelleenarvioitavaksi. Pijetään taas peukkuja. Saimme ajoitettua lapinsirrin kahden mitokondriolinjan erkanemisajankohdan kauas kauas Pleistoseenin jäätiköitymisten ajalle. Aikahaarukka on kuitenkin hyvin iso: noin puolestatoista miljoonasta vuodesta kolmeensataantuhanteen vuoteen. Tämä johtuu epävarmuudesta "molekyylikellossa" (eli käytännössä mtDNA:n muuntumisnopeudessa), mikä hankaloittaa tarkkaa ajoitusta. Arviot mtDNA:n sekvenssien välille kertyvistä eroista miljoonaa vuotta kohden vaihtelevat parista prosentista jopa yli kahteenkymmeneen, joten se, kuinka kauaksi kahden erilaisen sekvenssin eroamisajankohdan arvioi, riippuu siitä mitä mutaationopeutta päättää käyttää.

Mainitsemani yli 20 % sekvenssien välistä eroa on kovin suuri arvio, joka perustuu hyvin lyhyen, nopeasti muuntelevan kontrollialueen sekvenssin perusteella laskettuun nopeuteen. Me päädyimme arvioimaan erkanemisaikahaarukkaa minimissään kahden ja maksimissaan kymmenen prosentin erkanemisvauhdilla (per miljoona vuotta). Tämä arvio on melko laaja, ja sisältää monien muiden tutkijoiden käyttämiä arvioita eri lajien mutaationopeuksista, joten todennäköisesti arvioimamme aikaväli pitää sisällään linjojen eroamistapahtuman. Kuitenkaan mitään kovin varmaa ei voi sanoa vaikkapa tietyistä jääkausista tai niiden välisistä interglasiaaleista, jolloin populaatiot olisivat voineet joutua eristyksiin ja geneettinen erilaistuminen alkaa.

Olen aloittanut kirjoittamaan alustavasti seuraavaa kässäriäni (lähinnä tutustumalla aiheeseen ja lukemalla artikkeleita). Alan tutkimaan sitä, vaikuttaako naaraiden ja koiraiden geneettinen samankaltaisuus parinvalintaan. Aineistona on monen, monen vuoden näytteet, tiedot pareista ja niiden jälkeläisistä, avioeroista ja uudelleenpariutumisista. Oletuksena on, että parien pitäisi olla keskenään geneettisesti erilaisempia kuin jos pariutuminen olisi populaatiossa täysin satunnaista. Ja, jos avioero tulee, niin uuden parin pitäisi olla geneettisesti erilaisempi kuin vanhan. Täten uskollisuuteen vaikuttaa se, kuinka samanlaisia yksilöt ovat, ja syrjähyppyjä pitäisi tulla sitä enemmän, mitä enemmän mikrosatelliittialleeleita pari jakaa.

Tämä kumppanien geneettinen erilaisuus liittyy sukusiitoksen välttämiseen ja jälkeläisten geneettisen diversiteetin maksimoimiseen, eli lähisukulaiset tunnistetaan ja näin voidaan välttää mahdollisesti haitallisten geenien yleistyminen populaatiossa. Tätä kutsutaan geneettiseksi yhteensopivuushypoteesiksi (genetic compatibility hypothesis). Sukusiitosta voidaan välttää myös dispersoimalla pois synnyinalueeltaan, jolloin todennäköisyys pariutua sukulaisen kanssa pienenee huomattavasti. Suosirri on kuitenkin melko paikkauskollinen, joten sukusiitoksen välttämiseksi täytyy olla jokin muu keino (kuten juuri lähisukulaisten tai muuten samankaltaisten yksilöiden tunnistaminen).

Kolmen viikon päästä lähden Skotlantiin kahlaajatutkimusryhmän konferenssiin, jossa pidän esitelmän lapinsirristä. Jännittää, mutta hyvällä tavalla. Paljon on taas suunnitelmissa tälle syksylle. Sitten onkin jo kaksi vuotta väikkärintekoa takana. Mihin tämä aika kuluu?

Hyvää syyskuuta!

P.S. Anna pyysi ilmoittamaan että lähtee Lappiin samoilemaan viikonloppuna, ja viipyy reissussa jonkin aikaa, eli ensi perjantaina on tauon paikka.

Nelli