perjantai 12. elokuuta 2011

Hyviä uutisia!

Ensimmäinen, ihkaoikea neljän viikon kesäloma on nyt lusittu. Puolet lomasta meni flunssassa sohvalla maaten (tulipahan levättyä). Tietokoneen ääressä on hankala olla, ja tuntuu että kaikki biologiaan liittyvä on kadonnut päästä (ehkä rään mukana?). Tyhmä olo. Mutta eiköhän se tästä, kun vauhtiin pääsee.

Sain pari viikkoa sitten arvioitsijoiden kommentit ensimmäiseen käsikirjoitukseeni. Pidin eritoten lauseista: "The paper is very well written", "The many complicated analyses are of the highest standard" ja "I enjoyed reading the manuscript". Tämä tarkoittaa sitä, että ellen kovin kauheasti kämmää korjausehdotuksia, joita arvioitsijat kehottivat minua tekemään, saan kenties pian julkaistua ensimmäisen väitöskirjatyöni! Mahtavaa!

Juttu käsittelee siis lapinsirrin koko levinneisyysalueen geneettistä historiaa ja populaatiorakennetta
(eli fylogeografiaa) mitokondrio-DNA:n ja mikrosatelliittien avulla tutkittuna. Edellämainittujen kivojen kommenttien lisäksi arvioitsijat ehdottivat tehtäväksi muutaman hieman työläämmän jutun, sekä kaikenlaista pientä. Meidän pitää mm. tehdä populaatiorakenneanalyysi uudestaan, koska aiemmin tietokoneohjelman asetukset olivat pielessä (analyysi raksuttaa tuossa parast´aikaa). Lisäksi meidän pitää ajoittaa kahden löydetyn mtDNA-linjan erkanemisajankohta - tai oikeastaan melko laaja aikahaarukka, jonne eroaminen sijoittuu (ajoittaminen riippuu sekvenssin mutatoitumisnopeudesta, ja mtDNA:n kontrollialueen mutaatiovauhtiarviot vaihtelevat kovin). Tarkoituksena on myös pohtia enemmän mahdollisia syitä selkeän populaatiorakenteen puuttumiselle. Nämä ovat ne aikaavievimmät, ja loput hoituvat toivon mukaan nopeasti.

Hyviä uutisia siis tällä kertaa! Nyt peukut pystyyn että kaikki sujuu leppoisasti!

Nelli

5 kommenttia:

  1. Mikä on mikrosatelliitti?
    nimim. insinörtti Antti

    VastaaPoista
  2. Hyvä insinörtti!

    Mikrosatelliitit ovat pieniä, noin 100-300 emäksen mittaisia jaksoja DNA:ssa, jotka koostuvat muutaman emäksen mittaisista toistojaksoista; esimerkiksi emäksistä ACC ACC ACC tai vaikkapa TATC TATC TATC.

    Usein mikrosatelliitit ovat vailla minkäänlaista varsinaista tehtävää, mutta joskus ne voivat olla esimerkiksi geenien säätelyalueilla, jolloin ne osallistuvat geeniekspressioon.

    Mikrosatelliitit muuntelevat paljon pituutensa suhteen yksilöiden välillä, mitä voidaan käyttää hyväksi tunnistettaessa yksilöitä toisistaa; kun tutkitaan tarpeeksi montaa eri mikrosatelliittia, voidaan esimerkiksi rikostutkinnassa saada rikollinen selville - tai minun tapauksessani, selvittää populaatioiden välisiä eroja.

    Selkenikö? Mikrosatelliitit ovat siis erityisen käteviä juuri populaatiogeneettisissä tutkimuksissa johtuen niiden muuntelevuudesta.

    VastaaPoista
  3. Kiitos vastauksesta! Ei kauheasti selvennyt, mutta hieman kuvaa sain kuitenkin. Hassua, että lukion biologiassa olin erityisen hyvä näissä DNA-juttuissa, mutta nyt tuntuu kaikki oppi kadonneen...
    Antti

    VastaaPoista
  4. Kysy vain tarkemmin jos on jotain epäselvää niin vastailen parhaani mukaan. Genetiikka on vaikeaa, sen myönnän itsekin! :)

    N

    VastaaPoista
  5. (Tää nyt ei ehkä liity enään asiaan tai ehkä liittyykin ja en vaan ymmärrä)

    Perunarutto vei mun ekat omat perunanvarret ja piti googletella keinoja vastasen varalle. Wikikon tekstissä:
    http://wikikko.info/wiki/Perunarutto
    puhuttiin toistuvista DNA:sta.

    Tämä kommentti vaan siksi, kuinka on joskus hassua törmätä samankaltaisiin asioihin muutaman päivän sisällä, kun muuten ei tulisi törmänneeksi ehkä koskaan :)

    Kyselen taas joskus jotain!

    Antti

    VastaaPoista