torstai 14. huhtikuuta 2011

Kuulumisia

Hei!

Käväisin lomalla etelän lämmössä ja nyt on ihan uusi draivi päällä! Sain vihdoin hoidettua loppuun ulosteanalyysirumban, eli nyt on ahman ravinnonkäyttöaineisto kasassa. Vaikeita näytteitä siellä riitti, mutta jotenkin siitä selvittiin. Keräämiäni, analysoituja ulosteita oli loppujen lopuksi 186 kappaletta (osa huuhtoutui kokonaan viemäriin pesuvaiheessa, jolloin niistä ei saanut määritettyä lajia). Yhteensä 12 ulostetta päätyi luokkaan "määrittämätön", kun osassa ulosteista oli esim. pelkästään luumurskaa tai aluskarvoja, joiden perusteella lajia ei saanut määritettyä. Lähetin eilen tiedoston ohjaajalleni, joka aikaisemmin lupasi auttaa aineiston käsittelyssä. Toivottavasti saisimme datasta nopeasti tulokset ulos ja pääsisin kirjoittamaan.

Toinen, keskeneräinen aineistoni ahman ja suden interaktiosta jumittaa jossain Helsingin suunnilla. Olisi mukava saada tätäkin eteenpäin, mutta erinäiset harmilliset takaiskut ovat hidastaneet aineiston valmistumista. Aineisto siis koostuu riistakolmiolaskennoissa havaittujen susien ja ahmojen sijaintitiedoista (paikka, jossa jäljet havaittu). Olimme jo saaneet alustavia tuloksia aineistosta, kun huomasimme, että koordinaatit eivät ole riittävän tarkkoja. Siinä vaiheessa myös huomasimme, että osa RKTL:n mapeista, joista tarkat kartat löytyvät, sijaitsevat Helsingissä, osa Taivalkoskella. Olen itse hakenut Taivalkoskelta puuttuvat tiedot, mutta Helsingin päässä on ollut ongelmaa. Toivottavasti saisin pian sieltäkin puuttuvat tiedot, tai sitten lähden itse hakemaan ne. Hiukan ärsyttäää, kun asiat venyvät ja venyvät tällaisten pikkuasioiden takia.

Lisäksi olen viime aikoina mm. valmistautunut opponoimaan erästä jatko-opiskelijaa ensi viikon tutkimussuunnitelmaseminaarissa. On muuten yllättävän vaikeaa keksiä kritiikkiä -varsinkin silloin, kun tutkimussuunnitelma vaikuttaa oikein hyvältä ja perusteelliselta. Pakko on kuitenkin aina jotain kehitettävää sanoa :)

Sain muutaman ahmahavaintoilmoituksen (tietenkin juuri lomamatkani aikana) Kainuusta, mutta tällä hetkellä hiihtäminen siellä on aika turhaa kelin takia. Kovasti kyllä tekisi jo mieli maastoon metsänhajua hengittämään ja ahmojen tekemisiä tutkimaan. Jospa lumet sulaisivat nopeasti ja saisimme ahman pannoitettua. Eeki, Tahvo ja Seita tarvitsevat jo seuraajan :)

Nauttikaahan kevään etenemisestä!

Anni

perjantai 8. huhtikuuta 2011

Pienimuotoisen kansainvälisen tiedetapahtuman järjestämisestä

Biocenter-päivästä on nyt kulunut puolitoista viikkoa. Stressi on hellittänyt. Nyt onkin hyvä aika ottaa asia esille ja ruotia vähän tämänvuotista tapahtumaa ja järjestelyjä. Muistin virkistämiseksi, näin ajattelin viime keväänä Biocenter-päivän jälkeen.

Tänä vuonna olin järjestelykomitean puheenjohtaja, koska olin komiteasta ainoa, joka oli mukana myös viime vuonna. Puheenjohtajana kutsuin kokoukset koolle, jaoin puheenvuoroja ja hieman ruoskin ihmisiä hommissaan eteenpäin. Myös varsinainen toimenkuvani komiteassa poikkesi viimevuotisesta. Olin tällä kertaa järjestämässä päivän tieteellistä ohjelmaa yhdessä kahden muun järjestelijän kanssa. Tehtävänä oli siis löytää sopivia puhujia ympäri maailman ja yrittää saada heidät tulemaan Ouluun. Se on helpommin sanottu kuin tehty! Seitsemän puhujaa saadakseni lähetin 19 kutsua. Tämä on kuulemma hyvin normaalia etenkin, jos on liikkeellä myöhään ja jos on järjestämässä pienen skaalan tapahtumaa pienellä paikkakunnalla kaukomaassa, josta puhuja ei tiedä mitään. Puhujat kuitenkin saatiin kasaan, ja varsin monipuolinen ohjelma aiheesta ”Fysikaaliset voimat biologiassa” koottua.

Itse tapahtumapäivänä me ohjelmatiimiläiset toimimme vuorotellen sessioiden puheenjohtajina. Järjestelykomitean päällepäsmärinä sain sen lisäksi lausua päivän avaus- ja loppusanat. Se olikin yllättävän hermostuttavaa! Puhun sujuvasti yleisön edessä omasta tutkimuksestani, mutta kun pitää avata tieteellinen tilaisuus ja esitellä kutsuttuja puhujia, olen ihan kipsissä. En voi sanoa muistavani paljoakaan avauspuheestani! Saamani palautteen mukaan se meni ihan hyvin, mitä nyt hermostus kuului äänessäni. Jospa se siitä, seuraavalla kerralla vastaavassa tilaisuudessa olen jo varmasti rennompi.

Biocenter-päivä ja sitä seuraava illallinen kustannetaan sponsorivaroin. Järjestelykomiteassa oli neljän hengen tiimi sponsorinmetsästäjiä, joiden tehtävä oli ottaa yhteyttä eri bioalan yrityksiin ja pyytää heitä sponsoreiksi. Oulun Biocenter-päivä on perinteisesti sponsoriyrityksille mieluinen tapahtuma halpojen hintojen (esittelypöydistä, mainoksista ohjelmalehdessä yms.), suuren näkyvyyden ja hyvän sijainnin (sponsorinäyttely on lääketieteellisen tiedekunnan päärakennuksen aulassa, josta kulkee läpi paljon muutakin bioalan väkeä kuin Biocenter-päivän luennoille osallistuvaa) sekä hyvin hoidettujen järjestelyjen ansiosta. Nämä kommentit ovat suoraa palautetta sponsorifirmojen edustajilta.

Konferenssi-illallisen onnistumiseksi järjestelykomiteassa oli kolmen hengen illallistiimi, jonka toimenkuvaan kuului kilpailuttaa illallispaikkojen ja ruoan toimittajien tarjouksia sekä etsiä tilaisuuteen sopiva bändi. Juhlapaikaksi valikoitui tällä kertaa virastotalossa sijaitseva lounasravintola Vanilla. Musiikista vastasi Grooveyard Diggers, joka sai vipinää myös erään puhujan kinttuihin.

Biocenter-päivää varten painatetaan tiedotuslehti, Biocenter Day Bulletin, jossa kerrotaan päivän tapahtumasta ja esitellään Biocenterin tutkimusryhmien projekteja miniposterien muodossa. Bulletinia kasaamaan nakitetaan järjestelykomiteasta kaksi ihmistä, joista toisella on päätoimittajan vastuu. Bulletiniin pyydetään tehrvehdykset Biocenterin johtajalta, Biocenterin tohtoriohjelman johtajalta ja koordinaattorilta, sekä järjestelykomitean puheenjohtajalta (*kröhöm*). Lehteen painetaan myös sponsorien mainoksia ja kaikkien sponsoriyritysten nimet ja logot. Lehden kasaaminen on välillä varsin turhauttavaa puuhaa, kuten viime vuoden tekstissäni totesin.

Päivä ja ilta saatiin kunnialla pulkkaan, ja hyvä niin. Mitä tästä kaikesta opin? Tiimityöskentelyä nyt ainakin, ja toivon mukaan jotain tiimin vetämisestä. En aina luota muiden työpanoksiin ja saatan olla sen takia melkoinen jyrä yhteisissä asioissa. Yritin tällä kertaa välttää toimimasta niin, mutta hirmuisen stressin onnistuin itselleni rakentamaan. Sekin selvisi, että ulkomaisia puhujia on mahdollista saada tulemaan tänne periferiaan, vaikka aluksi se hieman epäilytti. Myöskin huomasin osaavani pitää kutsuvieraille seuraa, ja olin iloinen siitä, että minuun suhtauduttiin keskusteluissa kuin nuoreen tutkijaan. Itse en välttämättä osaa rooliani määritellä (olenko maallikko, opiskelija, vai kenties tutkija?) kun puhun vanhempien tieteentekijöiden kanssa.

Biocenterin sivuilla on muutamia kuvia tapahtumasta, kas tässä linkki.

Helpottunein terveisin,

maanantai 4. huhtikuuta 2011

TuTiSe!

Mulle kävi juuri niin kuin Annille meinasi käydä viime viikolla, eli kiireessä unohin kirjoittaa blogiin! Ja sitten olinkin viikonlopun reissussa. No tässä tulee ny.

Otsikko viittaa ennen vanhaan Tiistaisin pidettävään TutkimussuunnitelmaSeminaariin, joka on nykyisin maanantaisin,
ja joka oli minulla tänäaamuna. Puhuin puoli tuntia oman väitöskirjani aiheesta parinkymmenen hengen yleisölle, joka koostui muista jatko-opiskelijoista, ohjaajistani, ja muusta laitoksen henkilökunnasta.

Olen ollut muutaman päivän hyvin innoissani seminaarin pitämi
sestä. Ja hyvin se menikin. Ensimmäistä kertaa elämässäni minua ei jännittänyt ollenkaan. On mahtavaa huomata kuinka minusta, joka on aina jännittänyt ja luullut ettei missään nimessä pysty puhumaan kenellekään, onkin tullut noin luonteva puhuja. Toisaalta, harjoittelin aika paljon ja luin ihan älyttömästi, joten olisi olllut kumma jos se ei olisi mennyt hyvin. Osasin myös vastata ihan sujuvasti muiden esittämiin kysymyksiin (yleensä jännittävin asia seminaareissa). Hyvä minä.











Tänään käyn läpi tutkimussuunnitelmani myös teidän kanssanne. Suunnitelma on kyllä muuttunut paljon siitä, mistä aiemmin kerroin. Niin siinä monesti käy; suunnitelmat muokkautuvat työtä tehdessä. Sen sijaan että keskittyisin yksilöiden paikkauskollisuuteen, sukulaisuuden vaikutukseen parinvalintaan, sekä sosiaalisen parin ulkopuolisiin pariutumisiin, alankin tutkimaan geneettistä populaatiorakennetta, pienessä/pienenevässä populaatiossa tapahtuvia geneettisiä muutoksia sekä tekijöitä, jotka vaikuttavat populaation elinkykyyn ja sukupuuttoriskiin.

Ensimmäinen juttu (lapinsirrin populaatiorakenne) lähtee aivan näinä viikkoina lehteen arvioitavaksi (eri asia on sitten se kuinka paljon kommentteja ja korjauksehdotuksia sieltä tulee, eli kuinka kauan käsikirjoituksen julkaisuun oikeasti vielä menee aikaa). Mutta lähellä ollaan.

Toinen juttuni, joka koskee myös lapinsirriä, tulee käsittelemään Perämeren pienessä populaatiossa tapahtuneita geneettisiä muutoksia viidentoista vuoden aikana. Tutkimme, kuinka sukusiitoksen määrä on muuttunut (lisääntynyt), ja onko efektiivisessä populaatiokoossa tapah
tunut muutoksia (pienenemistä).

Efektiivinen populaatiokoko eli Ne tarkoittaa sellaista ideaalipopulaation kokoa, jolla on samanlaiset geneettiset ominaisuudet kuin tutkittavalla populaatiolla. Se ei siis ole absoluuttinen yksilömäärän mitta, vaan arvio sellaisesta populaatiokoosta, joka tuottaa samanlaisen geneettisen rakenteen kuin tutkittavassa populaatiossa havaitaan. Yleensä Ne on pienempi kuin oikea populaatio, koska kaikki populaation yksilöt eivät osallistu lisääntymiseen - osa on liian nuoria, toiset liian vanhoja, tietyt koiraat voivat olla naaraasta houkuttelevimpia kuin toiset (jollo
in ne pääsevät todennäköisemmin lisääntymään)... Moni asia vaikuttaa efektiiviseen populaatiokokoon.

Tiedämme että populaatiokoko, lisääntymismenestys ja aikuisten selviytymistodennäköisyys ovat pienentyneet/huonontuneet Perämeren lapisirripopulaatiossa viime vuosikymmenten aikana, joten oletamme, että pieni populaatiokoko on lisännyt sukusiitoksen (lähisukuisten yksilöiden pariuitumisen) määrää ja johtanut sukusiitosheikkouteen (sukusiitoksen aiheuttamaan kelpoisuuden pienenemiseen) ja
vaikuttanut myös efektiiviseen populaatiokokoon negatiivisesti. Tiedämme myös, että Perämeren populaatioon tulee migrantteja eli geenivirtaa (jos muualta tulleet yksilöt pääsevät lisääntymään) Lapin populaatiosta, mutta tällä hetkellä Perämeren populaation aikuiskuolleisuus ja poikastuotto ovat niin alhaisia, ja predaatio niin suurta, että tämänhetkinen geenivirta tulee tuskin pelastamaan populaatiota sukupuutolta.

Kolmannessa työssäni käsittelen etelänsuosirrin, suosirrin eurooppalaisen alalajin, populaatiorakennetta, sukusiitoksen määrää ja migraation suuntaa ja määrää Itämeren koko populaatiossa. Tutkimme populaatiorakennetta yli 20 mikrosatelliittimarkkerin avulla
; niiden avulla voidaan arvioida muuntelun määrää niin yksilö- kuin populaatiotasolla. Tulemme saamaan selkeän kuvan geneettisestä populaatiorakenteesta Itämerellä. Oletamme, että näissä pienissä, hajallaan olevissa populaatioissa näkyy selkeitä sukusiitoksen merkkejä.

Nelj
äs työni käsittelee niin ikään etelänsuosirriä. Teemme Itämeren populaatiolle elinkykyanalyysin (PVA, population viability analysis), jossa ympäristötekijät, pitkäaikainen ekologinen data, migraation määrän arviot ja tieto sukusiitoksesta tuodaan yhteen. Arvioimme populaation "tasoa" nyt ja tulevaisuudessa, ja arvioimme sen sukupuuttoriskiä tietyn ajan kuluessa. Oletamme, että sukusiitos heikentää etelänsuosirrin elinkykyä. Oletamme myös, että vanhempien välisen geneettisen samankaltaisuuden ja lisääntymiseen liittyvien asioiden (pesyekoon, kuoriutumistodennäköisyyden, kuoriutuneiden poikasten kunnon...) välillä on yhteys (mitä samankaltaisempia vanhemmat ovat, sitä pienempiä/huonompia ovat edellämainitut asiat). Kaiken tämä tiedon perusteella pystymme arvioimaan, mitkä populaatiot kaipaavat kipeimmin hoitotoimenpiteitä, jotta populaatio säilyisi elinkykyisenä.











Pienten populaatioiden tutkiminen auttaa päätöksentekijöitä ja muita tutkijoita niin kansallisesti kuin kansainvälisestikin suunnittelemaan toimenpiteitä, jotka pitävät yllä, tai lisäävät, populaatioiden geneettistä monimuotoisuutta. Koska geneettiset asiat vaikuttavat suuresti varsinkin pienten populaatioiden elinkykyyn, ne on tärkeää ottaa huomioon tällaisia suojelutoimenpiteitä suunniteltaessa.

Pysyittekö mukana loppuun asti?

Nelli