perjantai 25. helmikuuta 2011

Erään biologin perjantai

Moi!

Kiireisen perjantain ansiosta ehdin vasta nyt kirjoittaa blogiin. Aamupäivällä palaveerasimme pikaisesti muutaman geneetikon kanssa ahman perimän tutkimisesta. Eräs opiskelija on aloittanut ahman (populaatio-)genetiikkaan liittyvän gradunsa, jossa hyödynnetään mm. keräämistäni ahman ulosteista otettuja DNA-näytteitä. Tarkalleen en vielä tiedä, mitä gradussa on tarkoitus selvittää, mutta odotan kyllä tuloksia innokkaasti! Metsäahman perimästä kun ei tiedetä vielä käytännössä mitään. Omien tutkimuksieni kannalta odotan kovasti saavani selville seuraamieni (ei-pannoitettujen) ahmojen sukupuolen ja tiedon siitä, mitkä ulosteet ovat samoista yksilöistä peräisin. Onnea kyseiselle gradulaiselle tutkimukseensa! :)

Aamupäivän toinen palaveri koski bilsan jatko-opiskelijoiden välisen workshopin/lukupiirin perustamista. Jakauduimme kolmeen ryhmään (jokaisessa ryhmässä 4-5 jatko-opiskelijaa) aihealueiden mukaan ja näiden pikkuryhmien on tarkoitus alkaa kokoontua enemmän tai vähemmän säännöllisesti. Tapaamme luultavasti myös koko joukolla n. kerran kuussa. Tapaamisiin tuodaan omia puoli-valmiita/lähes valmiita/valmiita käsikirjoituksia (tieteellisten artikkeleiden raakileita), joita sitten muut kommentoivat. Idea on mielestäni loistava, sillä omille teksteille todellakin sokeutuu. Totesimme myös, että ryhmässä voidaan kässäreiden lisäksi käsitellä ihmisten tutkimussuunnitelmia, apurahahakemuksia, esityksiä ja postereita. Ryhmiin pääsee edelleen mukaan, kiinnostuneet voivat ottaa yhteyttä esim. Nelliin.

Iltapäivällä sitten ohjelmassa oli luennon pitämistä. Opetan siis tänäkin vuonna Talviekologian ja -fysiologian kurssilla. Vastuullani on edelleen lumijäljet ja lumen fysikaalisten ominaisuuksien mittaaminen. Oulussa pidän vain yhden luennon ja ensi viikon sitten opettelemme asioita käytännössä Kuusamossa Oulangan tutkimusasemalla. Tämän päivän opettamiset meni ihan ookoosti, mutta kyllä tässä vielä kehittymisen varaakin on. Minun pitäisi keskittyä puhumaan rauhallisemmin ja ilmaista itseäni selkeämmin. Tuolla kurssilla opetuskielenä on englanti, ja nopealla puhetyylilläni sanat meinaa mennä sekaisin. Toinen kehitettävä asia on aikataulutus. Lopussa teimme ryhmätöitä ja huomasin, että osa töistä olisi vaatinut enemmän aikaa ja osa taas vähemmän. Nytpä tiedän nämä asiat tulevaisuudessa!

Tällainen oli perjantai. Työjutut yhdistettynä kauppareissuun, pitkään lenkkiin ja saunaan aiheuttavat lopputuloksena väsyneen, mutta viikkoon melko tyytyväisen biologin.

Heippa,

Anni

perjantai 18. helmikuuta 2011

Sähköinen kurkistus näköreseptorisoluun

Päivää että pätkähti!

Heti alkuun kerron, että edellisessä merkinnässäni jännittämäni tentti meni läpi. Tavoitteena oli saada kurssi rimaa hipoen läpi. Nyt opintorekisterissäni komeilee kakkonen, eli se meni jopa kirkkaasti läpi!

Työrintamaltakin kuuluu kummia. Juttelin etenemisestäni toisen ohjaajani kanssa viime viikolla, ja tulimme siihen tulokseen, että minun olisi syytä opetella solunsisäisiä eli intrasellulaarimittauksia ja kokeilla niiden tekemistä virtuaalimaailmassa mitä pikimmin, ja jatkaa käyttäytymispuolta vasta sen jälkeen. Touhuni ovat siinä vaiheessa, että olisi hyvä tietää, mitä torakan silmän näköreseptorisolujen sisällä tapahtuu kun esittelen niille käyttämiäni ärsykkeitä. Muuten saattaisi käydä niin, että haalisin hurjasti ylimääräistä ja ehkä tarpeetontakin käyttäytymisdataa ja nousisin niin sanotusti pyrstö edellä puuhun.

Olen nyt sitten opetellut torakoiden preparointia mittauksia varten, elektrodin viemistä silmään ja mittauslaitteiston käyttöä. Preparointi alkaa jo sujua. Torakan pää pitää kiinnittää tukevasti pitimeen ja tutkittavan silmän pintaan on tehtävä pieni aukko elektrodin sisään vientiä varten. Olen aika näppärä sormistani, mutta kun työskennellään mikroskoopin alla, käden pienikin väpätys tuntuu kamalalta heilunnalta. Silti preparaateista tulee yleensä ihan kelvollisia ja toimivia. Tämänkin kädentaidon kuulemma oppii vain toistojen kautta.

Elektrodeina käytetään ohuista lasikapillaareista vedettyjä mikropipettejä, joiden sisällä on sopivaa elektrolyyttiliuosta ja kloridoitu hopealanka. Intrasellulaarielektrodin kärjen halkaisija on alle mikrometrin. Elektrodi kiinnitetään pietsosähköiseen mikromanipulaattoriin, jolla se saadaan ajettua silmään täsmällisesti siitä kohdasta ja sillä nopeudella kuin halutaan. Niin ainakin teoriassa. Mikromanipulaattoria ohjataan käsin samalla kun elektrodin lähestymistä valvotaan stereomikroskoopin avulla. Voitte kuvitella, että kun elektrodin kärki on niin ohut, että se jatkuu vielä hyvän matkaa siitä, mihin se paljaalla silmällä katsottuna näyttäisi loppuvan, sitä ei kestä paljoa täräytellä tai tuikkia sillä mihin sattuu. Tämä tekee elektrodin ajamisesta silmään erittäin haastavaa ja minulle tähän mennessä yleensä mahdotonta. En osaa hahmottaa elektrodin tarkkaa tulokulmaa oikein. Saan sen näennäisen ehjänä tekemästäni aukosta sisään, mutta kun tämän jälkeen käynnistän mittausvahvistimen, elektrodi on parhaassakin tapauksessa pahasti tukossa, mutta yleensä poikki. En ole vielä antanut tämän suhteen periksi, sillä tykkään leikkiä teknisillä vempeleillä ja tiedän oppivani hallitsemaan niitä ajan kanssa.

Kunhan opin saamaan elektrodin ehjänä silmään ja mittaamaan sieltä valovasteita, on aika miettiä virtuaalimaailman muuttamista elektrofysiologisiin torakkamittauksiin sopivaksi. Siitä en ole onneksi itse vastuussa, mutta luultavasti palaan asiaan tämän kevään aikana.

Pakkasterkuin,

perjantai 11. helmikuuta 2011

Hrrr, palelee

Minullakin oli seurantaryhmän tapaaminen pari viikkoa sitten (viitaten kahteen edelliseen postaukseen). Tapaaminen sujui leppoisasti kahvin ääressä (jes). Kävimme läpi aikaansaannokseni ja suunnitelmani, ja päädyimme muun muassa juttelemaan siitä, millaista jatko-opiskelu oli 60-luvulla; ei silloin kuulemma edes ääneen sanottu jos teki väitöskirjaa, pitivät leuhkana. Oltiin "vain assistentteja", ei mitään jatko-opiskelijoita.

Tällaiset tapaamiset ovat, rentoudestaan huolimatta, tärkeitä. On hyvä olla joku, joka tutkimuksen edistymistä vahtii. Varsinkin, jos omat ohjaajat ovat fyysisesti tahi henkisesti kaukana. Onneksi molemmat omista ohjaajistani ovat kummassakin tapauksessa lähellä (toinen viiden, toinen kolmenkymmenen metrin päässä - henkistä etäisyyttä on sitten vaikeampi arvioida).

Seurantaryhmän tapaamisessa huomasin ilokseni, tehtyäni vuosiraportin, että olen edistynyt ihan normaalia vauhtia ensimmäisen vuoden jatko-opiskelijan tasoon nähden (vaikka aika usein tuntuu ettei saa mitään tehtyä vaikka koko ajan tekisikin jotakin). Toinen vuosi on täten lähtenyt melko tarmokkaasti käyntiin. Intoa lannisti tänään hetkeksi aamuinen populaatioekologian tentti, joka meni ihan penkin alle - unohdin tentissä muun muassa pari erittäin keskeistä asiaa (kuten miten populaation kasvukerroin lasketaan...).

Huonosti mennyt tentti on kuitenkin jo unohdettu. Tänään olen tarmokkaasti tehnyt lähes kaikki syksyn kasvien populaatiobiologian kurssilta jääneet rästitehtävät sekä lukenut tutkimussuunnitelmaa erään loisen isäntäspesifisyyden geneettisestä analyysistä (olen maanantain tutkimussuunnitelmaseminaarissa opponenttina). Pari viikkoa sitten testasin puolentoistakymmentä uutta mikrosatelliittialuketta suosirrillä (melkein kaikki niistä näyttäisivät toimivan, jihuu!), ja eristin viime kesän verinäytteistä DNA:n. Käyn parhaillaan tilastotieteen kurssia, joka vie noin neljänneksen viikkotuntimäärästä, ja kirjoitan omaa tutkimussuunnitelmaani, jonka esittelen huhtikuun alussa tutkimussuunnitelmaseminaarissa. Kuukauden päästä alkaa molekyyliekologian kurssi, jonne menen taas laboratoriotöiden opettajaksi, kuten vuosi sitten.

Tekeminen ei taatusti lopu - silti, tai ehkä juuri sen takia, jaksan olla innoissani siitä mitä teen, koitan olla kauhistumatta työn määrästä ja tehdä aina yhden asian kerrallaan (vaikka kun tarkemmin alkaa ajattelemaan, miten ihmeessä ehdin tehdä kaiken väitöskirjaan tarvittavan neljässä vuodessa??).

Tuossa esimerkkinä kuinka toivottomasta alkutilanteesta voi tulla jotain mahtavaa:














Tosi leuhkaa tämä jatko-opiskelu.

Nelli

perjantai 4. helmikuuta 2011

Seurantaryhmä ja syndrooma

Heippa!

Kuten Annalla, minullakin oli seurantaryhmän tapaaminen toissa viikolla. Tämä oli jatko-opintojeni toinen seurantaryhmän tapaaminen, ensimmäinen oli suunnilleen vuosi sitten. Seurantaryhmä koostuu ainakin meidän laitoksellamme kolmesta väitelleestä henkilöstä, jotka eivät saa olla jatko-opiskelijan väitöskirjan ohjaajia. Näin varmistetaan, että ohjaajien lisäksi on olemassa toinenkin taho, joka seuraa opintojen ja tutkimuksen edistymistä.

Itse olen pitänyt seurantaryhmäni tapaamisista, sillä niitä varten joutuu valmistelemaan raportin siitä, mitä on saanut aikaan (ja mitä ei ole saanut aikaan). Kätevästi kerran vuodessa tulee siis käytyä tarkkaan läpi omat opinto- ja tutkimussuunnitelmat ja tarkastelemaan niitä kriittisin silmin. Lisäksi seurantaryhmäni jäsenet ovat antaneet minulle paljon tutkimuksen kannalta hyödyllisiä vinkkejä.

Moni jännittää hiukan seurantaryhmän tapaamisia, sillä monesti niissä joutuu toteamaan, ettei ole edennyt aivan suunnitelmien mukaan. Minunkin seurantaryhmässäni puhuimme jo vuosi sitten siitä, kuinka julkaisuja pitäisi alkaa jo tulla -ja kappas vaan, tämän vuoden seurantaryhmässä totesimme, etten ole vieläkään saanut kässäreitä ulos. No, edistystä asiassa oli sentään tapahtunut.

Seurantaryhmäni oli sitä mieltä, että minun tulisi nyt keskittyä kahteen ensimmäiseen kässäriini ja lopettaa maastotyöt hetkeksi. Tämä olisikin kyllä järkevää. On vaan vaikea pysyä pitkiä aikoja kaupungissa, kun samaan aikaan metsässä jolkuttelee naaras-ahma Seita, joka kantaa kaulassaan tuhansien eurojen GPS-pantaa, joka saattaa lakata toimimasta milloin hyvänsä. Toisin sanoen en haluaisi heittää hukkaan kaikkia paikannuksia. Kokeilen nyt mallia, jossa teen Oulussa kässäri-hommia aina kaksi viikkoa kerrallaan, jonka jälkeen teen maastotöitä viikon ajan ja sen jälkeen tulen taas Ouluun kirjoittamaan.

Seurantaryhmässä minulta myös kysyttiin, olenko niitä jatko-opiskelijoita, jotka kärsivät ns. ikuisen maastotyövaiheen syndroomasta. Minunkaltaiseni, luonnossa liikkumisesta nauttivat jatko-opiskelijat saattavat toisinaan venyttää ja venyttää maastotyövaihettaan, koska usein aineiston kerääminen vaan on hauskempaa ja helpompaa kuin aineiston analysointi ja kirjoittaminen. Puolustuksekseni on kyllä sanottava, että aineistoa ei ole vielä riittävästi kaikkia tulevia kässäreitä ajatellen, joten en oikeastikaan voi vielä täysin hautautua pölyn alle kirjoituskammiooni. Täysin poissuljettua kyseisen syndrooman puhkeaminen ei toki kohdallani ole ;)

Mukavaa viikonloppua,

Anni

Ps: Alla Seita-ahman terveiset blogin lukijoille!