lauantai 27. maaliskuuta 2010

Ahmojen GPS-pannoitus

Heippa!

Pahoittelemme blogissamme viime aikoina vallinnutta lyhytaikaista hiljaisuutta. Maria unohti blogata viime viikolla (fysiologeilla on tunnetusti huono muisti), mutta palaa asiaan taas omalla vuorollaan :)

Itse ajattelin kertoa tällä kertaa ahmojen pannoituksesta, joka on hyvin oleellinen osa ja tärkeä menetelmä tutkimuksessani. GPS-pannoituksestahan on tullut jo melkoinen buumi Suomessakin: meillä on pannoitettu ainakin susia, karhuja, ilveksiä, ahmoja, supikoiria, mäyriä, hirviä ja poroja. Menetelmällä saadaan tietoa esimerkiksi lajin elinalueista, kulkureiteistä, ruokailutavoista, liikkuvuudesta ja suhteesta ihmiseen. GPS-pannoituksen miinuspuolia taas ovat menetelmän korkea hinta sekä ainakin ahman kohdalla vaikeus saada eläin kiinni pannoitusta varten.

Ahman pannoitusta varten olemme hakeneet eläinkoeluvan Etelä-Suomen lääninhallitukselta. Pannoitusoperaatio nimittäin nähdään eläinkokeena, koska ahma joudutaan nukuttamaan. Eläinkoelupahakemukseen määrittelimme tarkkaan, millaisia toimenpiteitä eläimelle tehdään pannoituksen aikana. Asiantuntijat arvioivat, että kokeemme ei aiheuta eläimelle kohtuuttoman suurta haittaa ja myönsi luvan.

Kuten jo aikaisemminkin totesin, vaikein osa ahman pannoituksessa taitaa olla eläimen kiinnisaaminen. Koeluvassa meillä on kaksi sallittua menetelmää pyydystää ahma: loukuttaminen tai koiran avulla pyydystäminen. Loukuttaminen tarkoittaa syötillä varustettua loukkua, joka laukeaa, kun eläin menee häkkiin ja nykäisee syöttiä. Loukku on joko varustettu liiketunnistimella (jolloin saamme tekstiviestin kännykkäämme loukun lauettua) tai loukku on käytävä tarkistamassa aamuin illoin. Koirien avulla pyydystäminen taas tarkoittaa sitä, että tuoreet ahman jäljet havaitessamme päästämme koirat jäljille. Mikäli koirat saavuttavat ahman, ahma nousee puuhun, ja siihen voidaan ampua nukutus. Tällöin ahma putoaa puun alle viritettyyn verkkoon tai pressuun. Loukuttaminen on ehkä helpompi menetelmä, mutta toisaalta koirien avulla pyytäessä ahma ei joudu odottelemaan nukutusta yhtä kauan, koska ihmiset ovat yleensä jo valmiiksi lähistöllä. Tähän mennessä olemme pannoittaneet projektissa vasta yhden ahman, "Eekin", ja se saatiin loukusta.

Kun ahma on saatu loukkuun, se nukutetaan painoon suhteutetulla määrällä nukutusainetta. Loukussa olevalle eläimelle nukutusaine ammutaan puhallusputkimenetelmällä. Eeki-ahma nukahti 15-20 minuutissa, jonka jälkeen eläin otettiin ulos loukusta operoitavaksi. Anestesian helleraja on +20 astetta ja pakkasraja -15 astetta, eli ihan milloin tahansa emme voi ahmaa pannoittaa.



Ahman kaulaan kiinnitettiin 290 grammaa painava GPS-panta. Tämän jälkeen Eekistä otettiin 14 erilaista mittaa (mm. paino, hartiakorkeus, kaulan ympärysmitta) sekä määritettiin sukupuoli, väritys, hampaiden kunto ja yleiskunto. Lisäksi eläimestä otettiin kaksi DNA-näytettä (suun limakalvonäyte ja karvanäyte), jotka menevät suoraan analysoitavaksi eräälle ahmojen genetiikkaa tutkivalle oululaiselle tutkijalle. Meillä olisi lupa ottaa myös verinäyte, mutta emme ole nähneet tätä tarpeelliseksi.


Anestesia kumotaan atipametsolilla, ja heräämisen jälkeen eläimen liikkeitä seuraillaan ja varmistetaan, että sen käyttäytyminen ja liikkuminen on normaalia. Herättyään Eeki-ahma oli hiukan tokkurainen ja yritti kovasti repiä pantaansa irti. Hetken päästä se kuitenkin lähti omille teilleen.

Eläimen hyvinvointi on meille tutkijoillekin äärimmäisen tärkeää: haluamme toki, että tutkimuskohteemme voivat hyvin ja elävät normaalia elämää pannoituksen jälkeenkin. Siksi käytämme turvallisia loukkumateriaaleja, tarkkailemme ahman tilaa anestesian aikana, suojaamme ahman suoralta auringonpaisteelta, käyttäydymme rauhallisesti ja puhumme kuiskaten ahman läheisyydessä.

GPS-seuranta käyttää paikannuksessa hyväkseen satelliittipaikannusjärjestelmää. Eläimen panta paikantaa itsensä automaattisesti tietyin väliajoin ja paikannustieto tallentuu pantaan. Panta lähettää paikannukset lisäksi sähköpostiin, josta tutkija saa ne käyttöönsä vain pienellä viiveellä. Tutkija voi itse päättää, miten tiheään panta paikantaa itsensä. Eeki-ahmasta otimme paikannuksia kahden tunnin välein. Nyrkkisääntönä pidämme, että emme mene tarkistamaan alle neljän vuorokauden vanhoja paikannuksia, jotta emme häiritse ahmaa ja vaikuta näin tutkimustuloksiin.

Eeki-ahma ei ilmeisesti saanut suuria traumoja pannoituksesta, koska se jo pannoitusta seuraavana päivänä oli palannut samalle alueelle :) Asiaan toki varmasti vaikutti alueen haaskatilanne... Eeki kuitenkin toipui hyvin nukutuksesta: se oli kulkenut pitkiä matkoja pannoituksen jälkeen ja saalistanut yhden jäniksenkin. Eekin panta valitettavasti putosi kolme kuukautta pannoituksen jälkeen, mutta jo tänäkin aikana keräsimme paljon aineistoa tuntemattoman metsäahmamme elämästä.

Ensi kerralla tarinoin siitä, millaista GPS-pannoitetun ahman ja ei-pannoitetun ahman seuranta on. Pääsemme siis maastotöiden kovimpaan ytimeen :) Aurinkoisia latuja kaikille!

Anni






lauantai 13. maaliskuuta 2010

Hupsista

Eilen oli jotenkin niin kiire ja jännä päivä töissä että unohdin kokonaan kirjoittaa oman blogitekstini! Aamulla sen vielä muistin, mutta sitten se jotenkin unohtui. Anteeksi siis kaikille, jotka eilen jo kävivät ihmettelemässä missä teksti viipyy.

Kuten jo mainitsin, eilen oli siis melko jännä päivä. Tai oikeastaan melkein koko viime viikko on ollut jännää ja mukavaa, sillä olen päässyt ensimmäisenä ihmisenä maailmassa tarkastelemaan lapinsirrin sytokromioksidaasi 1- (CO1-) geenin sekvenssiä. CO1 on niin sanottu viivakoodigeeni (englanniksi bar coding gene), ja sen avulla voidaan erottaa lajit toisistaan tietääkseni poikkeuksetta. Geeni on siis tarpeeksi konservatiivinen pitämään saman lajin yksilöt yhdessä, mutta erottamaan jopa hyvin lähisukuisetkin lajit toisistaan. CO1 on mitokondriaalinen geeni, ja koodaa soluhengitykseen liittyvää proteiinia.

Alkuviikosta sekvenssit olivat siis valmiit, ja pääsin katselemaan niitä sekvenssinkäsittelyohjelman avulla. Työläin vaihe on sekvenssien linjaaminen, jossa jokainen sekvenssi pitää käydä yksitellen läpi epäselvien emästen korjaamiseksi. Lopulta kaikista näytteistä on kasassa suunnilleen samanmittainen pätkä DNA:ta (tässä tapauksessa reilut 800 emästä), joilla voidaan sitten tehdä kaikenlaisia geneettisiä analyysejä. Muutama päivä on mennyt alkuiltaan asti tietokoneella istuessa ja linjatessa. Meinaavat niskat olla vähän jumissa.

CO1:n avulla on tarkoitus sijoittaa lapinsirri Calidris-suvun fylogenia- eli sukupuuhun, mitä ei siis kukaan ole aiemmin tehnyt. CO1 on sekvensoitu suurelta osalta kyseisen suvun kahlaajista, mutta muutama laji puuttuu vielä; muun muassa pikkusirri, joka on lapinsirrin kaltainen pieni sirri. Pikkusirrin DNA:takin olisi tarkoitus saada lähitulevaisuudessa, jolloin päästään näkemään miten pikkusirri sijoittuu sukupuuhun, ja kuinka läheistä sukua se onkaan lapinsirrille.

Muutakin jännää selviää sekvensoinnin kautta. Olin labra-avustajana molekyyliekologian kurssilla, ja sekvensoimme eri pakastekalojen DNA:ta selvittääksemme ovatko ne oikeasti sitä, mitä pakkauksessa lukee, vai jotain muuta. Kaikki olivat kyllä oikeaa lajia, mutta kaksi lajeista olivat uhanalaisia tai vaarantuneita. Tästä seuraa nyt pieni moraalinen neuvo, halusittepa sitä tai ette: älkää syökö muuta kuin itse onkimaanne kalaa...

Saapa nähdä jaksanko odottaa maanantaihin vai eksynkö huomenna yliopistolle tietokoneen ääreen jumiuttamaan niskaani lisää. Mieli ainakin tekisi. :)

Nelli

EDIT (Ma 15.3.) Eksyin tänään geenipankkiin (josta siis löytyvät kaikki tähän mennessä sekvensoidut eliöt), ja kas, siellä oli CO1-sekvenssit sekä lapin- että pikkusirristä ynnä muutamasta muusta "puuttuvasta" sirristä (Kerr ym. 2009: Filling the gap - CO1 barcode resolution in eastern Palearctic birds). Ja juuri kun sain sekvensoitua itsekin tuon alueen! Noh, ei se mitään, tällaista tämä tutkimus on, joku muu todennäköisesti tekee juuri samaa kuin mitä itse. Aion minä silti tehdä sirriläisten sukupuun jossa on lapin- ja pikkusirri mukana. Ellei joku muu ehdi ensin.


perjantai 5. maaliskuuta 2010

Siitä varsinaisesta jatko-opiskelusta

Hei jälleen,

Aikomukseni oli alun perin kirjoitella tällä kertaa kurssien opettamisesta, mutta Anni ehti ensin. En heti perään kehtaa jutustella samasta asiasta, joten jääköön se myöhemmälle. Turisenkin sen sijaan jatko-opintoihin liittyvästä opiskelusta.

Kullakin laitoksella on omat sääntönsä ja ohjeensa jatko-opintoihin sisältyvästä opiskelusta. Yhteistä kaikille luonnontieteilijöille on tutkinnon laajuus: vähintään 150 opintopistettä (op) filosofian lisensiaatin tutkinnossa ja 240 op filosofian tohtorin tutkinnossa. Yksi opintopiste vastaa noin 27 tunnin työmäärää. Tutkinnon laajuuteen sisältyy molemmissa tapauksissa 60 op jatko-opintoja sekä opinnäyte, eli lisensiaatintutkimus (90 op) tai väitöskirja (180 op).

Varsinaisia jatko-opintokursseja on hyvin harvassa. Syy tähän on se, että jatko-opiskelijoita on harvassa ja kunkin jatko-opiskelija on käytävä omaa erikoitumisalaansa tukevia kursseja. Itse kukin meistä pääsee siis kokoamaan jatko-opintonsa omien tarpeidensa sekä laitoksen vaatimusten mukaan sieltä, mistä sopivia kursseja löytyy.

Jatko-opintojen alussa on laadittava jatko-opintosuunnitelma. Suunnitelman sisältö vaihtelee käsittääkseni suuresti eri laitosten välillä. Fysiikan laitoksella kirjoilla olevana omaan suunnitelmaani täytyy sisältyä 20-26 op:n arvosta tieteenalan erikoiskursseja ynnä jatkotutkintokuulustelu; 3-6 op:n laajuinen jatkokoulutusseminaari; 0-7 op: edestä tieteellisiä kokouksia, joista hyvitetään sen mukaan, esittääkö posterin vai suullisen esityksen ja onko kyseessä kansainvälinen vai kotimainen kokous; 21-37 op muita opintoja ja tutkimusta tukevia aine- ja/tai syventäviä opintoja, sekä harjoittelu. Tämän listan lisäksi jatko-opintosuunnitelmaan täytyy, jälleen laitoksesta riippuen, sisällyttää esim. jatko-opintojen suunniteltu aikataulu, rahoitussuunnitelma, tutkimussuunnitelma (joiden laatimisesta tulee varmasti vielä tekstiä tähänkin blogiin!) tai muita liitteitä.

Oma tilanteeni kurssien suhteen on erittäin hyvä, vaikka olen vielä varsin tuore jatko-opiskelija. Onnistuin nimittäin saamaan 30 op vaihdossa suorittamiani neurotieteen kursseja hyväksiluettua jatkotutkintooni! Näiden lisäksi minun on käytävä muutamia biofysiikan kursseja, että minut voidaan lukea biofysiikan opiskelijaksi (päivätyönihän on kuitenkin enemmän käyttäytymistutkimusta). Tieteellisten kokousten käymisen olen jo aloittanut, takana on posterin esittely kansainvälisessä kokouksessa Japanissa ja pohjoismaisessa tapaamisessa Suomessa. Opintoihin sisältyvä harjoittelu on Fysiikan laitoksella käytännössä opetushommia, joista siis kerron joskus toiste.

Tällä hetkellä käyn kahta kurssia. "Eläinten käyttäytyminen" on käyttäytymisekologian kurssi, joka toivon mukaan tukee touhujani torakoiden näkökäyttäytymisen parissa. Ainakin kurssilla näkee biologikavereita ja pääsee kuuntelemaan persoonallisia luennoitsijoita, joten tylsinä viikkoina oikein odotan luennolle pääsyä. Biofysiikalla käyn "Patch clamp tekniikat" –kurssia, jossa opetellaan kyseistä mittausmenetelmää niin teoriassa kuin käytännön laboratoriotöissä. Kurssi kuuluu syventäviin opintoihin ja on minulle vähäisistä pohjatiedoista johtuen aika työläs seurata. Periksi ei kuitenkaan anneta! Jos tulevaisuuden leivänsaantini riippuu siitä, osanko "pätsätä" vai en, niin minähän opettelen "pätsäämään" vaikka mikä olisi! Onneksi opettajat ovat tuttuja työkavereitani, heille kehtaa vähän vaikka marista jos hommat eivät lähde sujumaan. :D

Hmm, minulla on näköjään taipumusta kirjoittaa aika raskasta tekstiä. Mahtavaa, että olet jaksanut lukea tänne asti! *hymy* Kuukauden päästä ajattelin avautua tutkijakouluasioista ja vuodattaa vuolaasti niihin liittyvistä ylimääräisistä "vapaaehtoishommista", pilke silmäkulmassa toki. Sitä odotellessa, kiinnostuneet ovat tervetulleet 23.3. kahdenteenkymmenenteen Biocenterpäivään kuuntelemaan kansainvälisten huipputukijoiden luentoja kudosten korjausmekanismeista! Lisätietoa tapahtumasta löytyy täältä.

Tsirp tsirp,